在长沙监军的杨乔然决意仿效先祖杨再思的军事体制，在城步县周边地区实行全民兼兵，和清军打一场持久战。于是他上书隆武帝，请求给他湖广最高军事统帅权力，言辞慷慨激昂，很切合实际，有助于南明军队的协调统一。
隆武帝远在福州，对湖广的局势甚是关注，他看了奏折之后，很是欣赏杨乔然的忠心和勇气，决心将城步县建成为反清复明的基地，遂密令杨乔然回乡祭祖，其实是准备在五岭地区训练一支新军，直接受皇帝指挥和调度。
隆武二年(1646)五月，湖广监军监察御史杨乔然率军亲临上官村再次祭扫祖茔，杨氏族人长老汇聚宗祠，为恢复大明江山献计献策。
为了稳定族人的情绪，杨乔然奉命特意从长沙省府用青石板刻制了一块《察院》的石碑，将杨一元等31户杨氏后裔定位“官户”，享受县府俸禄，免除地方差役、杂役等，这在宝庆府为首例。
杨乔然走到前厅，总觉得少了点什么，于是提笔书写“派总关西”匾额，悬挂在前厅，一前一后正好呼应。
一个长老说：“乔然侄子，杨氏宗祠太普遍了，何不向皇上奏请将名字改一改呢？”
杨乔然想了想，有所顿悟：“好，那我就奏请皇上赐杨氏官厅，前辈以为如之何？”
长老作揖道：“杨氏官厅......这个好！它不仅是荣誉的象征、批阅官书的场所，更是湘、桂、黔、渝等地杨氏后裔认祖归宗之地。”
杨乔然道:“几百年了，早该如此。我向皇上写个奏折就摆平了。”......
不久，南明隆武皇帝欣然钦定，城步县的杨氏宗祠正式更名为“杨氏官厅”。匾额挂牌之日，前来上官村道喜的官员多达数百人。
其时京凉村一世祖杨正修的墓地红地毯绵延数百米，从山脚下一直铺到了坟台前，场面颇为壮观，乃大明开基以来杨家将的最大幸事。
杨乔然在南明的军事和政治地位不断上升，引来不少人的嫉恨，镇守武冈的总兵何腾蛟和副总兵“刘铁棍”刘承胤最为典型。二人是姻亲，行军打仗什么都不懂，争权夺利倒是很在行，企图一手遮天，挟持皇帝，此所谓外斗外行、内斗内行也。
刘铁棍有军队二万人，大多是南京的流氓、地痞组成。1646年，南明隆武帝封他为定蛮伯，更加骄横不法。兵科给事中龚善选因公事路过武冈，他竟然让士兵侮辱龚善选。
湖广巡抚何腾蛟凭着三寸不烂之舌成功招抚了李自成的部将李过、郝摇旗、袁宗第、王进才等及左良玉的旧部，另外号荆、襄十三家军也投到隆武的旗帜下，因此何腾蛟居功自傲，打压异己，暗中培植自己的势力。
在福建被软禁的朱聿键，收到杨乔然的密信，得知杨家将的军事集团已经初具规模，有了一定的战斗力，杨乔然希望隆武帝尽快摆脱郑芝龙的掌控。
朱聿键大喜，就匆匆携数千明兵从福州至延平，冒险来湖南与杨乔然汇合。杨乔然带领杨家将集团的数万精兵奔往湘赣边境的吉水接应，做好了随时迎驾的准备。
隆武二年（1646）8月22日凌晨，几百个清军穿上明军的服装，打着明军旗号，直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军，没有仔细盘问，竟然打开了城门，放清军进来了。
清军一拥而入，对着守军就是一通乱砍乱杀，朱聿键此刻才明白上当了，后悔不该没有听杨乔然的劝告。于是他拔出宝剑，率部和清军厮杀在一块，砍死了不少清军。
终因寡不敌众，朱聿键退入汀州城衙的大堂上，被清军乱箭射死，同时遇难的还有其皇后曾氏、沈嫔、陈嫔和不满月的皇子。
隆武帝一死，又爆发了所谓的皇位之争，唐王朱聿鐭的军队和桂王朱由榔的军队发生激战，鹬蚌相争，渔翁得利，清军乘机攻占了广州城，朱聿鐭自杀身亡，广东沦陷。
朱由榔离开肇庆再度逃入广西，留守肇庆的明两广总督朱治涧、梧州守将陈邦傅均弃城而逃，皇帝都逃跑了，还期盼手下卖命，朱由榔简直是痴心妄想了，
1647年2月，清军进攻桂林，刘承胤声称桂林守将瞿式耜与清廷勾结，迫使桂王赴全州，企图挟永历帝归武冈。在全州，刘承胤根本就不把桂王放在眼里，好像他就是朱由榔的大救星一般，盛气凌人，非常傲慢无礼。
杨乔然看不过作威作福的刘铁棍，乃道：“刘铁棍，注意君臣之礼，不可胡来！”
刘铁棍竟然辱骂都御史杨乔然：“睁开你的眼睛看看我是谁，小心我揍扁你！”挥拳相向，将把人家的帽子衣服都撕破了。
侍卫张喜良拔出剑，欲砍杀刘铁棍。为了顾全大局，再加之此刻身边没有带多少兵，杨乔然及时阻止了张喜良。而后，杨乔然闭门不出，请求桂王解除刘铁棍的兵权，归自己节制。
逃跑冠军朱由榔优柔寡断，依旧我行我素，他天真的以为刘铁棍的能力远远超过杨乔然，没有听取杨乔然的建议。
三月，永历帝迁都武冈，杨乔然上书朱由榔尽快进入城步县山区，杨家将可以保证他的安全，昏庸的朱由榔却道：“城步县乃山区也，朕不习惯！”以岷王府为行宫，封刘承胤为武冈候，气得杨乔然差不多要吐血了。
但是群臣慑于刘铁棍的淫威，争相讨好，上疏称其功德。于是刘铁棍被封为兴国公上柱国，赐尚方宝剑，他又请封其弟刘承永为武冈伯，朱由榔也准允了，自此刘承胤越发专横跋扈。
醉生梦死的朱由榔不思进取，将杨乔然撇在一边，不准他的家族军队进入武冈辖地，否则就以谋反论处。清军接连攻破常德、宝庆，直逼武冈城。
大队清军突然出现武冈州的南部，明军大骇，不战自乱，城南失守，大队的明军闻风从北门弃城逃跑。八月十三日，清兵破武冈，刘承胤以城降。
永历帝跑得最快，连皇后、儿子、小姨子、母亲都不要了，这时他才想起了杨乔然，迅速逃亡城步县。
刘承胤带着五、六万人投降后，积极参加清剿南明势力的军事行动，这个作恶多端的流氓，最终被清军以诈降的理由包围，全部处死，罪有应得。
永历帝过了木瓜桥后，在逃往城步的小路上迷失了方向，杨乔然的几万大军在牛市桥等了足足一天，也没有见到朱由榔的影子，遂撤离了。
阁臣吴炳奉命护卫皇长子往城步逃跑，等他赶到城步县城时，杨乔然已经退往十万古田了，县城城已为清军所占，一行人被俘虏，押送至衡阳。吴炳绝食，整理衣冠，北拜君亲，捧敕诰自缢而死。
朱由榔沿着大道竟然没有遇到清军，一路跌撞撞撞、灰头土面到了靖州，误打误撞总算见到杨乔然的飞山族人，其时已是九月初一。
在飞山族人军队的护送下，转往柳州，这次算是福大命大，朱由榔见到了杨乔然，喜极而泣：“杨爱卿，朕执意不用杨家将，大错特错也！”
杨乔然哑然，不知道说什么才好。1649年，成事不足败事有余的何腾蛟率军数十万在攻打长沙，指挥不当，兵败被俘，自杀身亡，一手断送了复湘援赣的战略大局。自此，南明的精锐丧失殆尽，被清军处处追着打。
永历政权控制的云南、贵州、广西、湖南、江西、四川、广东7省的区域危机四伏，清军的魔爪正一步步逼近。朱由榔不得已，此时才让杨乔然出来担任川南总督，出身将门之后的杨乔然义不容辞，带着他的杨家军子弟东征西讨。
山河破碎，风雨飘摇，大厦即倾，杨乔然他能够独撑危局吗？他有回天之力吗？他的杨家将集团能否力挽狂澜吗？只有天知道了。
不久以后，杨乔然临危受命，担任川南总督，直接去了四川。清军的暴行激起了汉族地区人民的强烈不满，杨乔然借机与大西军的孙可望、李定国以及李自成的大顺余部取得了联系，?南明王朝于是和这些反清武装结成了同盟，反清大业又有了新的起色。
1652年，孙可望在掌握南明大权后，以贵州为基地，向清军发起了新一轮的攻击，由大西军改编过来为主体的明军一路所向披靡，抗清武装长驱直入，进入湖南、广西、四川等地。
川南总督杨乔然给西宁王李定国提供了精准的军事情报，并调2万杨家军协助进攻，胸有成竹的李定国率领的三万精兵，杀回湖广。
骁勇善战的杨家军编入军中，李定国信心大增，湖南大部分失地被明军占领。杨乔然建议南下广西，直趋桂林，干掉叛徒定南王孔有德，打击嚣张的清军，李定国欣然同意，立即采纳了杨乔然的计策。