话说明太祖大肆杀戮有功之臣，胡惟庸一案前后持续了十年之久，杨璟虽“死”也不能逃过所谓的审查。由于朱棣的暗中保护，命手下将杨璟身世的真实档案统统予以销毁，重新做了一份假档案，漂白了杨璟的身世，上报给明太祖。
远在南京的朱元璋最疼爱四子朱棣，对朱棣之言深信不疑，故诛杀了营阳侯杨通之后，就不再追究杨璟的罪行，最后此事不了了之。
洪武十五年(1382)，朱元璋在全国遴选高僧为已故马皇后诵经荐福，同时也是为各路同姓王挑选辅佐人才。一个人的偶然出现，改变了大明王朝的历史走向，他就是道衍和尚。
道衍经人举荐成为燕王朱棣的重要谋士，随燕王朱棣至北平(今北京)住持大庆寿寺。他从此经常出入燕王府，参与夺位密谋，成为朱棣的重要谋士。
燕王朱棣并不是朱元璋的马皇后亲生儿子，1360年出生在应天府，到了七岁才和其他兄弟一样有了自己的名字。
朱棣自从生母死后，就一直被马皇后养着，童年衣食无忧，过得还是比较开心的。20岁那年被封藩在北平，镇守边关。
此后朱棣多次受命参与北方打击元朝残余势力德尔军事活动，展现出了非凡的军事才能和过人的胆识。朱棣两次率师北征，招降蒙古乃儿不花，并生擒北元大将索林帖木儿，战功卓着，在北方军队中影响力很大。于是，他变得越来越心志不凡、目中无人和桀骜不驯。
杨璟全家被朱棣救了以后，觉得太憋屈，总想找机会回苏州看看岳父母，回城步寨看看父亲杨谷庆（杨政）。燕王知道杨璟乃忠勇孝悌之士，可是老皇帝没有死，是不能冒险回江南的。
1392年，太子朱标病死，朱标没有经受戎马倥偬、生活磨难，养尊处优，朱棣很其瞧不起这位兄长。随后秦王朱樉、晋王朱枫先后去世，于是朱棣在军事实力和家族尊序上都成了诸王之首。
朱元璋觉得朱棣这个儿子极像自己，多次透露信息，打算想传位给朱棣，这让朱棣兴奋不已。
朱棣很乐观地对杨璟道：“芮国公，你再忍忍，天很快就要亮了。”
杨璟忧郁道：“现在圣上健康得很，况且没有正式册立，殿下还是要做好最坏的打算。”
朱棣还是信心十足道；“不怕，万一父皇不立本王为太子，我雄兵十数万，随便找个借口杀进应天府便是。”
杨璟道：“师出无名，贸然出兵，不可。”
朱棣道：“那怎么着？”
杨璟道：“殿下目前最好的办法就是韬光养晦，等待皇上的消息。”
朱棣道：“我都等了三十多年了，就怕我走在父皇之前。”
杨璟道：“殿下宅心仁厚，切莫担忧。心态好，就可以长命百岁。”
朱棣道；“父皇要是像汉武帝一样活到80岁，我不是要等到白发苍苍了。”
在一旁默默不语的姚广孝掐指一算，哈哈大笑道；“殿下，皇上至多还有六、七年光景。”
朱棣立时情绪高涨：“大师，您可算准了？”
姚广孝道：“若是皇上还能够活过七年，殿下再砍了老衲，也不迟。”
杨璟道：“大师何时忽悠过殿下您？”
朱棣如获至宝：“好！我们好好庆贺一番。”
朱棣乃击掌三下：“上酒——”
不一会侍卫就端上了好酒好菜，三人就如何夺取帝位之事，商谈了起来。
果不出杨璟所料，明太祖最终绕不开法律程序和传统观念，加之不少大臣的强烈反对，才放弃废长立幼的念想。朱元璋册封朱允炆为皇太孙，而不是指派朱棣为皇嗣，这一次朱元璋的举措彻底激怒了朱棣。
消息传到北平，燕王异常失望：“父皇，您待我如此不公，别管我不客气了！”他立即召集杨璟和姚广孝连夜商量对策，准备直接出兵逼宫。
姚广孝道：“殿下是不是坐不住了啊？”
朱棣捶着桌子，咬牙道：“昔日贤明君主夏禹、商汤、宋太祖实行兄终弟及的宗室继承制，为何父皇这么死脑筋，儿子不立，偏立一个娃娃为皇位继承人。难道皇子们都死光光了吗？本王的老脸往哪里摆啊？”
杨璟道：“殿下，不可操之过急。等待就机会，忍耐就是胜利。”
姚广孝盘坐着在那里，闭着眼睛不紧不慢的道：“殿下，老臣还是那句话，老皇上命不久矣，不久矣。”
朱棣斜着眼道：“到什么时候了，还盼着我父皇死。他不死，我就捏死他！”
杨璟道：“低调，低调。这话要是传达皇上那，我们都得死。”
姚广孝道：“塞翁失马焉知非福。只要皇上一倒，乳臭未干的朱允炆就算坐上了龙椅，也要把他拉下来。”
朱棣稍稍平静了下来：“还是大师稳得住。芮国公，你速速会瀛西加紧操练，以免引起锦衣卫的疑心。”
杨璟道：“臣领命——”......
洪武三十一年（1398），明太祖驾崩，遗诏所有诸王不得进京吊丧。孙子朱允炆即位，是为明惠帝，他感觉叔叔们手握重兵，权力过大，严重威胁着中央政权的存在。于是，朱允炆和顾命大臣齐泰、黄子澄等密议削藩，打压诸侯王。
朱允炆自知燕王朱棣势大难图，就从朱棣的同母弟周王动手。周、代、岷、湘、齐诸王先后削夺，湘王**，其余人都被废为普通人，逼得坐镇北平的燕王朱棣实在坐不住了。
建文元年(1399)六月起兵前夕，朱棣设计擒获朱允炆在北平安插的眼线布政使张昺、都指挥使谢贵。清除了潜在的危险以后，经过精心准备近20年的朱棣要动手了。
朱棣打出了“清君侧，靖国难”的旗号，向朱允炆发难，他要从侄儿手中夺回原本是属于他的皇帝宝座，朱棣在大哥死后一直就是这么认为的。于是，一场争夺皇位的内战——靖难之役于七月爆发，杨璟从瀛西返回北平，随为了迷惑朱允炆，朱棣给杨璟封了个百户候（北军百户令），其时确实先锋总指挥。
燕王起兵不久就攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。
朝廷军50万浩浩荡荡杀来（后期60万），燕王胆子可真够大的，以12万精兵对抗。燕王善用计谋，又有杨璟统率的杨家将将士打头阵，燕军奋不顾身，不惧生死，打得朝廷军节节败退，李景隆一路逃跑。
气得朱允炆撤了李景隆的统帅职位，换上盛庸担任大将军，东昌一战，包围了朱棣的前锋部队，杨璟、杨洪父子死战，杀退了一波又一波拼死向前的朝廷军，直至朱能的援军到来才得以突围。郑和（三宝太监）派人给燕王送来密信，说京城空虚，尽快率兵南下。
战争进行到第四个年头（1402）四月，燕军进抵宿州，与跟踪袭击的南军大战于齐眉山（今安徽灵璧县境），史称灵璧之战，几经交战，双方互有胜负。考虑到在河边不易防守，朝廷军何福移营，与平安在灵壁(一作灵璧)深沟高垒布防，采用阻击战，准备拖垮靖难军。
忽然斥候回报：“南军平安亲自率兵六万护卫粮草。”
“善。”朱棣闻之狂喜，采取出其不意的战术，打一场偷袭战，他要生擒这个让他吃了不少苦头的大明武士。
四月廿七，朱棣率精锐一万人突然袭击朝廷军的送粮队伍，将朝廷军拦腰折断。朱棣和杨璟等突入敌阵，大呼奋击，两阵矢交如雨。
朝廷军不停地冲着朱棣所在位置拼命放箭，有的箭射偏了，扎在朱棣队伍的旗帜上，就好像刺猬身上的刺一般密密麻麻。
朱棣和他身边的将领混在一起，一样的装束，远远望去根本分不清，可是平安好几次和朱棣近距离接触，差点要了朱棣的命，这些偷袭者发了疯的进攻，除了朱棣的亲军别无其他了。
朱平安大喊：“兄弟们，反贼朱棣就在军中，那个骑黄马的便是！抓住了赏金五千两！”
于是被截断的朝廷军迅速包围了朱棣的燕军，朱棣心里不由发毛。明太祖的这个养子朱平安可不是一般的角色，燕将中无人敢挡其锋，威名赫赫，战功无数，朱棣屡次和南军大战，所向披靡，唯独在对平安、盛庸二人时才会挫败。
“怎么办啊？朱高炽这小子这么还没有出现啊？是不是想要你老爹死在这里啊？”
看着身边的将士不是中箭倒下，就是被砍成了肉酱，朱棣的头脑一片空白，紧张不已。
百户令杨璟虽然忠心耿耿，带着杨洪、杨清等人，使出杨家枪的必杀技，一枪一个，刺死了数百人，毕竟杨璟不再是20年前的杨六郎了。
朝廷军仍不见退却，拼死地向燕军重重压了上来，包围圈越来越小，朱棣几乎可以看到对方统领朱平安的鼻尖了。