杨璟平定了湖南境内的反对势力，助朱亮祖攻下了靖江城，战功累累，在军中的威望日渐提高，明太祖很赏识这位杨家将的后起之秀。
每次大战，明太祖都钦点杨璟随军出征，杨璟率子侄从北打到南，从打到西，再从南打到北，为大明打出了一片天下。
洪武二年（1369）杨璟跟从汤和、廖永忠、傅友德攻打明玉珍建立的大夏政权，作为先锋率水师与夏守将戴寿决战于瞿塘峡。戴寿集合蜀地军民，凭借着天险击败了杨璟的水师。
杨璟收拢战线，与夏军对峙，等待援军的到来。不久大军到来，合力攻下了重庆，“夏主”明升出城投降，川蜀平定。
洪武四年（1371）原慈利安抚使覃垕自立为王，再次起兵反叛，攻陷辰州诸寨。因粮食、军火充足，1.5万叛军依仗险要的地势，以少胜多，三战桥头肖家峪，四战茅岗七年寨，五战崆峒山，杀得明军头盔期间、尸横遍野，明军损失惨重。
洪武五年（1372）正月，地方守卫告急，明太祖闻讯大怒，命湖广行省平章杨璟、征南将军邓愈、江夏侯周德兴、江阴侯吴良等率统兵十万，并将澧州卫、常德卫多处官兵统归其调遗，明军一边新建大庸卫城以巩固后方基地，一边攻打覃垕。
杨璟作为副将军，心里很不服气，他要以战功和计谋挽回瞿塘之败的尊严，再次证明自己的实力。
每次献计，都被邓愈驳回，并讽刺说：“败军之将，以何教我？”
于是杨璟不再多言。此后，在历次的战斗中，只顾冲锋陷阵，砍杀叛军无数，不过对那些没有参与的土族平民他是同情的，每每当叛军进入村寨以后，就严令部下不得追击。
三月，明军大部队行至澧州，邓愈将军队分为两路，命周德兴率主力围攻茅岗寨，同时命杨璟、吴良率兵对散毛、柿溪、安福等三十六洞全面发起攻击。
周德兴费了九牛二虎之力，付出了惨重的代价，才将茅岗攻下。周德兴打进茅岗后，实行三光政策，逢人就杀，见屋就烧，见钱就抢，他要断绝覃垕的兵马来源。
霎时，茅岗山上，大火冲天，尸横遍野。眼看百姓受了大难，杨璟很是不忍，对周德兴说：“周兄，如此暴敛，不可取！”
周德兴不以为然：“贼寇不杀，留着有何用？我们没有更多的粮食来给俘虏吃！”
杨璟道：“不是所有的人都是贼寇，手无寸铁的土家族人既然放弃了抵抗，就当安抚之。”
周德兴有点生气了：“你跟皇上理论去，别跟我说！”
杨璟因为被周德兴训斥了，很久没有和他说话。而周德兴依旧我行我素，每攻下一处寨子，照样屠杀那里的寨民。
覃垕见周德兴来势汹汹，就将兵力收缩在七年寨上，避其锐气，故意不下山与周德兴决战，覃垕对部下道：“你有千军万马，我有千山万洞”。
周德兴一部望山兴叹，无可奈何。
却说覃垕在七年寨山上，一面修筑工事，操兵练马，一面发动部下挖山种粮。每天日晒雨淋、风餐露宿的周德兴自恃力攻难克，想用智取攻破七年寨，却又不知从何打开叛军的突破口。
明军和叛军相持了一个多月，一直到另一支明军曹良臣率兵从桑植而下，战事才出现转机。周良臣是个很谦虚的将军，他很佩服杨璟的为人和智谋，尤其是攻打靖江的战役杨璟的智取之策。他很清楚邓愈、周德兴和杨璟之间的矛盾，连夜拜访了杨璟。
周良臣进门就道：“平章大人，周某今日前来不是当说客的，我们不谈军事。”
杨璟道：“行伍之人不谈军事，那还谈什么？有话直说。”
周良臣道：“叛乱已经持续三年之久了，为何却不能平息？”
杨璟道：“以成败论英雄，故大明军连吃败仗。我率部平息之后，继任者又改变我的安抚之策，上已对我不满，我深感不安。”
周良臣道：“大人言重了，剿灭叛乱大人不是也来了吗？”
杨璟道：“知己知彼，方可克敌。覃垕也有软肋，卫国公数次不依我所言，我也就心灰意冷了。”
周良臣道：“贼首覃垕最相信谁？”
杨璟道：“原元朝翰林院评事朱孟迁之曾孙朱思济，和我有旧交。朱思济乃覃垕二女之婿，覃垕谁都信不过，只对朱思济言听计从。”
周良臣道：“那大人的意思是说收买朱思济了？”
杨璟道：“别说得如此难听，这叫团结。朱思济和皇上同姓，只要许诺委以为先锋，若助明军捉拿了覃垕，必将飞黄腾达。朱思济就会站到我们这一边来的。”
周良臣道：“此计乃反间计，大人果然高明！”......
周德兴从周良臣的口中得知这一重大情报，立即派人携财物去了朱思济的山寨，果不其然，朱思济是他经不住周德兴用功名引诱，亲自下山来到明军的营地，屁颠颠的见了周德兴。
朱思济说：“七年寨上千洞万壑，地广田足，加之贼寇全系土家山民，惯于山战，明军硬攻是不成的，我愿意以女婿身份，上山用计骗覃垕下山。而后将其逮住，解送京都，这样，山上的起义军便不攻自散了。”
周德兴道：“好！不愧是皇上的族人，事成之后你就是大明的大元帅了！”
朱思济听周德兴这么一说，乐不可支：“还请侯爷在皇上面前多替我美言几句，告辞！”
周德兴道：“不送，就等你的好消息了。”
朱思济进入七年寨劝覃垕曰:“明大军云集，此寨危如垒卵，势难久持。九都有观音寨，奇险可守，何不去而隐之，待时而起?”
覃垕不知道朱思济已经投靠了朝廷，觉得很有道理：“还是我女婿聪明，有孝心。我们去那里看看吧。”于是带着部下何英、姚祖一同前往，殊不知何英、姚谋和朱思济早就串通一气，欲谋害自己。
几人就便上了路，刚走到慈利和大庸交界的金岩山一个小山岗上，朱思济说：“太热了，我们先洗个澡凉快凉快。”他第一个脱了衣服跳进了水潭里面，何英、姚谋也跟着下去了。???????覃垕卸甲下了水潭，很享受的在水中游来游去。
“杀呀——”只听一声呐喊，草丛里、树林中突然窜出二十多条汉子，个个威武健壮，为首的正是杨璟。
杨璟道：“反贼哪里逃？老朋友我们又见面了，覃垕。”遂命令首先搭箭对准了水潭中的四人。
覃垕在水中就剩一条光裤衩，知道反抗也无用了：“杨璟，一人做事一人当，他们三人是被我蛊惑的，希望你给他们一条生路——”
杨璟道：“诺。果然够义气！”于是覃垕等人只好束手就擒。
周德兴率数千人马到了，当即将覃垕装进囚笼，从水路解送南京。叛军没有了头领，就各自逃散了，慈利之乱就此平息。
是年，六月初六日，覃垕被朱元璋凌迟（剥皮）处死，他至死也不明白，自己最信赖的女婿竟然出卖了自己。
按照此前的承诺，邓愈、周德兴联名上奏给朱思济请功，请求明太祖封其为“谷用大元帅”，朱元璋很爽快的同意了。
事后，明太祖给平定叛乱的将士封赏，说：“覃垕之役，杨璟不能克，赵庸中道返，功无与德兴比者。”
明太祖复斥璟道：“命尔统军，屡常失利。兵法云，知己知彼，百战不殆。添灶减灶，人莫我知，尔乃轻信敌人诡计，辄使黄永谦往彼，使知我虚实，虽锜釜之数亦尽知之。尔尝从克保宁，当有微赏，然尔先于潞州失陷人马，及攻覃垕寨，久不能克，进攻瞿塘又致覆败，较之破保宁之功，不足以掩过。”
封赏没有杨璟的份，杨璟连忙下跪：“臣知罪——”
明太祖道：“北平残元势力又起，你就从大将军徐达镇首北平，去辽东修长城练兵好了。”
杨璟道：“谢主隆恩，臣告退。”......
明太祖下令大军继续南征北伐，消灭了各地的割据武装，将元朝势力驱逐出了中原地区，赶到长城以北，基本确立明朝在全国的统治地位。
明太祖成了最大的地主，为了他的子孙能够坐稳皇帝宝座，巩固皇权，他咬咬牙，开始举起屠刀，对那些曾经和他一起打江山的功臣们下手了。
千方百计的要把“难兄难弟”手中的兵权、行政权收归己有，最好的就是建立一支直接归皇帝指挥的特殊军队——锦衣卫。
锦衣卫是秘密的特务机构，无孔不入，负责监视百官与人民的一举一动，只要他们的言行稍微对明太祖不利，特务们就直接将“罪证”呈给朱元璋。
一时间，明王朝从中央到地方，从官府到民间，到处弥漫着白色恐怖气氛。不少文臣武将人心惶惶，唯恐自己被锦衣卫抓住把柄，落入皇帝的毒手。