并分东江兵2万8千人为四部，以毛文龙长子：毛承祚，管一部、明用旗鼓：徐敷奏，管一部、其余二部由东江镇各官举荐明东江游击：刘兴祚、明东江参将：陈继盛，二人分管并将带来的饷银10万两分给各岛官民。
然后明蓟辽督师才上奏朝廷，接到此消息的明毅宗大为震惊，他连忙拍案几站起来骂道“好你个袁崇焕啊！竟敢私自斩杀上司正一品左都督？看朕不把你五马分尸。”但旁边的明司礼监秉笔太监却劝说道“陛下，如今左都督东江总兵以被杀！若在杀袁督师恐怕辽东都司战事一时无人能控制？”
沉思过后的明毅宗尽管十分生气但毛文龙已死不得不依靠袁崇焕！这让后金天聪汗：皇太极，得知毛文龙已死？就立刻兵分三路；上路攻入大安口斩杀明遵化参将：周镇、中路攻入龙井关、下路攻打洪山口明蓟州参将：张安德，兵败逃跑而明蓟州守备：张万春，降金之后蓟州被后金包围！明毅宗急忙下令京师戒严。
另外皇太极还亲自率军攻破龙井关，并以漠南蒙古科尔沁台吉：孛儿只斤·布尔噶图，为指引带后金军占领洪山口又攻破大安口到达遵化县城下，就遇到明山海卫总兵：赵率教，出兵救援在遵化县城外与后金武英郡王：爱新觉罗·阿济格，开战不幸被后金左翼四旗和右翼科尔沁二旗给包围，孤军奋战的明山海卫总兵因等不到援军到达而战死！
明永平巡抚：王元雅、明保定卫推官：李献明、明永平推官：何天球、明遵化知县：徐泽，等军官在城破之后与后金砍死依旧宁死不屈最终明军全军覆灭！
万全都司、大宁都司、河南承宣布政司、山东承宣布政司、山西承宣布政司、山西行都司等地得知京城戒严，纷纷奏请明毅宗要求率师勤王，其中明山西巡抚：耿如杞，带3千军队救援、明山西总兵：张鸿功，带5千军队救援，明毅宗就让户部立下军令状道“大军到地点就发军饷。”
很快山西承宣布政司明军就到紫禁城下，但今日派守通州三卫、明日调昌平州、后天又调良乡县，接连三日都没给军饷就激起了兵变！还好被京军三大营给及时镇压住事后耿如杞、张鸿功被捕入狱，驻军只好抢掠附近富强商户获取军饷。
虽然明蓟辽督师：袁崇焕，主要分管山海卫关外防务，但是对于整个帝国的蓟辽防御还是有责任的，况且后金铁骑就是从山海卫外绕道漠南蒙古科尔沁而来入侵大明的，恰好明蓟辽督师又让明山海卫总兵：赵率教，调去关内应战后金骑兵了、明宁远卫总兵：祖大寿，也被调入关另外又让明广宁前屯卫总兵：朱梅、明广宁前屯卫副总兵：徐敷奏，去驻守山海卫才让后金有机可乘。
然而防京师要道的明蓟辽督师却让明莱州卫参将：杨春，守永平府、明莱州卫游击：满库，守迁安县、明万全都指挥使：刘振华，守建昌县、明登州卫参将：邹宗武，守丰润县、明登州卫游击：蔡裕，守玉田县。
其次明蓟辽督师还严守京畿地区，又在靠近京师东北方向的蓟州、三河县、密云县、顺义县严密布防，而后金则从东北路入京，明蓟辽督师急派明保定卫总兵：曹鸣雷，驻守蓟州在由明蓟辽督师亲率大军以明宁远卫总兵作先锋驻蓟州调度策应，又命明宣府总兵：侯世禄，守三河县、明蓟州总兵：刘策，守密云县安排好防守。
布置完毕后就开始阻拦后金军南下的第一线遵化县阻截，因皇太极队突破了龙井关和大安口直接指向遵化县，遵化县是京师东面重镇因此明蓟辽督师想把后金军队拦在此，谁知之前派出明山海卫总兵：赵率教，的4千明军阵亡导致第一线阻拦失败！（实际上袁督师故意这样做的？）。
战报传到朝廷时明毅宗震惊，连忙命明蓟辽督师做好抗敌准备，另外皇太极留兵8百守遵化县，在亲率后金军接着南下向京师出发逼近蓟州。
这时明蓟辽督师就带领9千关宁铁骑（这是辽东总兵：李成梁，的辽东铁骑军改编组成的关宁军，成为当时大明又一骑兵主力）实施第二线蓟州阻截，关宁铁骑急速赶往蓟州。
此地是横在遵化县与通州三卫之间的屏障，距离京城东郊的通州右卫约140里，皇太极曾两次败在关宁铁骑手下因此没有交战，而是绕路东北方向通顺义县往通州左卫出发，使得明蓟辽督师的第二线阻拦落空。
朝中就有部分大臣已经怀疑袁崇焕的布置方略，似乎是在有意放后金兵进来？本来蓟州与遵化县都是有重兵把守的正常情况下不可能快速被攻破，就连明毅宗也下令让袁崇焕不得离开蓟州一步，但袁崇焕认为军情紧急「将在外军令有所不授」，又设立第三线通州三卫阻截，导致后金军到达通州卫离京城只有40里地了。
为此明毅宗大怒让袁崇焕不惜一切代价把后金军队赶出去，另外又集结各路勤王明军来京做好两手准备，袁崇焕还急速行军到达河西这里在天津三卫和京城之间大约离京城120里，而皇太极军队已接近通州左卫，他知道袁崇焕会在通州三卫设防。
于是再次绕道顺义县、三河县直奔京城这次袁崇焕第三线阻拦又落空了，（疑似袁崇焕故意做样子糊弄朝廷的？）这样战线就推进到了紫禁城下，袁崇焕就在河西召开军事会议，之后又率9千关宁铁骑由明宁远卫标统：吴三桂，带领日夜赶路行120里走近路抢在皇太极之前来到紫禁城广渠门外。
同时明大同总兵：满桂、明宣府总兵：侯世禄，也率兵赶到紫禁城德胜门外扎营，就遇到后金八旗军兵临城下，双方初战在德胜门打响了，城外的明军联合城上的京军神机营、三千营、五军营、南北镇抚司锦衣卫、振武卫，等明军一起抗敌而皇太极率后金右翼四旗以及右翼科尔沁蒙古兵向明大同总兵、明宣府总兵发起猛攻。
后金军先发神威铳能炮轰炸，再派科尔沁骑兵及正红旗从西面突击、正黄旗从旁冲杀，两支后金军边杀边进打到城下时，城上的京军三大营、南北镇抚司锦衣卫、振武卫、金吾卫，等纷纷举死三眼神铳、鸟铳、拐子铳、掣电铳、迅雷铳，又发野战重炮、大连珠炮、霹雳炮、青铜弗朗基炮、红衣大炮轰炸后金蒙古联军。
之后明宣府总兵首先兵败退出战斗，只剩下明大同总兵率军独自拼杀，城上神机营明军开炮配合因硝烟太大而大同明军又距离后金兵比较很近导致误伤了许多明军！关键时刻关宁军突然用弓箭袭击大同明军，害得明大同总兵身中20箭、刀伤16条但依旧顽强的打退后金军进攻。
此事被明毅宗得知后急忙下令撤回明大同总兵，让他在城外的关帝庙内休息，接着广渠门外也发生了激战，后金三贝勒：爱新觉罗·莽古尔泰，率左翼四旗及内喀尔喀兵2千人进攻关宁铁骑，明宁远卫总兵率7千关宁铁骑在沙窝门外，野战4万后金军及漠南蒙古内喀尔喀2千兵，激战四个时辰转战10余里之后明宁远卫总兵撤军？（被很多京军怀疑？）。
同时京营三大营又继续炮轰后金蒙古联军直到退去，袁崇焕才与明宁远卫标统带2千关宁铁骑赶到合兵9千抗击后金，就遭遇到后金骑射手箭阵袭击，9千关宁铁骑则先发火铳还击在冲锋砍杀打败了内喀尔喀军队。
次日京军三大营打开德胜门的瓮城放大同明军入城休养，之后第二批的后金军就迎战关宁铁骑，一交战关宁军很快就败下阵来？部分关宁军游过护城河请求入城，但被城上的军民扔滚石砸跑，京军三大营与明松山游击：刘应国，合力打败追击到京畿护城河的后金军，又与勤王明军们追击后金军到通州河，由于后金军急于过河导致冰碎淹死5千人此战京军三大营胜利。
而亲率后金劲旅的多罗饶余贝勒：爱新觉罗·阿巴泰、武英郡王：爱新觉罗·阿济格、固山贝子：爱新觉罗·思格尔，三部军队兵败，皇太极连忙让贝勒召开会议检讨，其中七哥阿巴泰被按军律削爵。
只见皇太极说道“女真语：阿巴泰在战前为了救儿子才没按预定计划作战，并不是怕战！本汗怎么可以定亲哥哥的罪呢？”
同时京军三大营又派出5百神机营携带红衣火炮手，悄悄潜往海子在皇太极军营四面开炮使得后金军大乱，皇太极考虑到明军勤王军队越来越多而且后金军也抢劫够了，就移营出海子但被明大同总兵追杀，不幸的是中了后金军反扑阵亡！到此〖崇祯京师保卫战〗，结束明军取得了全面胜利。