这个时候朝廷才知道经略、巡抚两人不和！心想；定会坏了边疆大事！群臣们奏章纷纷讨论此事，明南直隶兵部尚书就劝明辽东巡抚除掉明辽东经略。
此时南方永宁宣抚使：奢崇明，自称「大梁王」发兵包围城嘟府而城内只有镇远营明军7百人，明蜀景亲王：朱志澎，急令明四川布政使：朱燮元，全力抗击又调石柱宣慰司和龙安府等地军队抵抗，得到明熹宗夸奖升朱夑元为四川巡抚，并调明山东按察司佥事：杨愈茂，为四川总兵率明军出征。
同时明一品诰命夫人亲率川军白杆兵4千人进驻南坪关，明贵州巡抚：李标，则派明铜仁府总兵：张彦芳、明贵州总兵：许成名、明贵州都指挥使：黄运清，等援救四川承宣布政司从10月至12月之间，打了大小百余战才消灭土司兵1万3千人，先后收复了遵义府、绥阳县、湄潭县、桐梓县、乌江县等地。
另外叛军大梁王：奢崇明，之子：奢寅，在城嘟府造云梯和吕公车日夜攻城，明一品诰命夫人等各路明军到达城嘟府后，与明登莱副使：杨述程、明安锦副使：刘芬谦，打败叛军于牛头镇又收复了新都县。
明天启二年公元1622年明刑部员外郎：徐大化，配合明辽东巡抚弹劾明辽东经略，并把奏章发给各部被明熹宗拒绝，正好遇后金军逼近西平堡，朝廷才停止了争议命他们共同抗金而西平堡被围！明辽东巡抚听信了明广宁卫中军游击：孙得功，的计策发动了广宁卫全部兵力让明广宁卫中军游击和明靖东营中军游击：祖大寿、明甘肃总兵会合前去作战。
明辽东经略也令明盘山参将：刘渠，拔营支援但在平阳桥遭遇后金军，刚一交锋明广宁卫中军游击和明广宁前屯卫参将：鲍承，首先逃跑导致镇武堡、闾阳堡的明军也被打败，明盘山参将、明甘肃总兵在沙岭战死！明靖东营中军游击逃往觉华岛，西平堡守军等地援军跟明西平堡参将：黑云鹤，也战死！
当时明辽东经略已离开广宁右屯卫去驻军闾阳堡了，此刻明山东布政司左参议：邢慎言，就劝他急救广宁卫却被明宁远卫指挥佥事：韩初命，给阻挠住他认为现在回去就是送死？
于是明辽东经略就撤回来，而后金军却在沙岭停了下来不敢向前走害怕有伏兵？就让明辽东巡抚的心腹爱将早已偷偷投降后金的孙得功，去活捉明辽东巡抚献功，机智的他在城内对军民们谎称后金军已到城下，吓得城内军民们各自逃跑。
明广宁卫左参政：高邦佐，阻挡不住军民就跑去广宁卫指挥所里找王巡抚，然而明辽东巡抚正关门处理军务毫不知情？明振武营参将：江朝栋，推门而入时还被明辽东巡抚大声训斥，只见明振武营参将直接喊道“王巡抚大人不好了！东虏杀入城了，事情危险请速撤离！”
不知所措的明辽东巡抚被扶上马逃走，来到大凌河时遇到了明辽东经略被嘲笑道“王巡抚大人好厉害啊？6万军队就可以把敌人一举歼灭现在怎样呢？”感到惭愧的明辽东巡抚就建议驻守宁远卫和广宁前屯卫。
但明辽东经略却说道“已经晚了！现在只有保护百姓撤入山海卫去。”说完就把5千士兵交给明辽东巡抚殿后，并把全部积蓄烧了撤军，由明辽东经略和明宁远卫指挥佥事一起护送难民入关。
随后明辽东巡抚：王化贞、明辽东监军道：高出、明兵科给事中：胡嘉栋，等将领也先后入关，只有明宁远卫左参政：高邦佐，一人无言以对拔刀自杀！后金入城时孙得功率领广宁卫明军投降被纳入（镶白旗）当中军游击。
此刻后金天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，抢掠广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫、广宁后屯卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁右屯卫、广宁中左守御千户所。
并接连入侵漠南蒙古哈喇慎部占领明军放弃的义州卫、平阳桥、西兴堡、铁场堡、小凌河、锦安堡、团山堡、镇宁堡、镇远堡、镇安堡、镇静堡、镇边堡、大清堡、大康堡、镇武堡、壮镇堡、闾阳驿、十三山驿、松山堡、杏山堡、牵马岭、戚家堡、正安堡、锦昌堡、中安堡、镇彝堡、大静堡、大宁堡、大平堡、大安堡、大定堡、大茂堡、大胜堡、大镇堡、大福堡、大兴堡、盘山驿、鄂拓堡、白土堡、塔山卫、中安堡、双台堡等40座城池努尔哈赤还下令把辽河以西居民驱赶到辽河以东，并让辽河军民全部（剃发易服）不从者一律屠杀。
消息传到京城时明熹宗很是震惊急调王化贞、熊任弼回京受审，另任明山东巡抚：王在晋，为兵部尚书代辽东经略与明蓟辽总督：王象乾，一起谋划招抚山海卫关外被漠南蒙古各部占领的地区。
得知大明帝国一下子丢失了这么多土地！吴俊振很是生气他站起来拍着桌子喊道“该死的建奴，敢问马兄接下来我大明没有反击吗？”
于是马维就接着说下去明定辽将军：毛文龙，屡立战功之后被升为东江总兵，在明天启三年公元1623年发生了两件大事分别是明司礼监秉笔太监：魏忠贤，被封为（东厂提督）从此阉党得势以及何属东印度，由于在巴达维亚驻扎了荷兰水军为了开商共市多次入侵大明帝国！
而荷兰水军在进犯福建承宣布政司沿海时被明福建巡抚：南居益，带福建水师出动双方开战炮轰最后击退了荷夷舰队退往澎湖巡检司，荷夷还经常骚扰东海平静严重的影响了漳州府和泉州府沿海安全，明熹宗很重视决定加强明军水师防御，并封锁海岸严查商船。
同时明东江总兵：毛文龙，为解救辽民特意派兵从四面出击命明东江游击：朱家龙，从千家庄进军、命明东江参将：王辅，从凤凰城进军、命明镇江参将：易承惠，从满浦府进军、明镇江千总：张盘，从麻洋岛登岸偷袭金州卫。
自己在率8千马步明军精锐从镇江城、汤站堡一路进攻，按照明东江总兵的方略解救了许多百姓，又用战船将金州卫一带幸存的4千辽民接过河去安全的地方，许多青壮年辽民苦大仇深纷纷参军。
明镇江千总见民心可用就编成35队一起进攻金州卫，结果一举拿下金州卫缴获了后金明降军大小炮铳1014位、硝磺连药一石、大小铅炮子7302颗，之后又乘胜收复了辽南半岛的旅顺卫以及望海堡和红嘴堡，使得辽南数百里土地重归大明，史称「金旅大捷」。
使得明东江总兵开辟了辽东都司战场新局面，将登州卫、莱州卫、旅顺卫、皮岛、宽叆堡连为一线，解除了后金所占领的辽南四卫对山东承宣布政司的军事威胁，让大明在辽东都司2千里海疆得到巩固，并完成对后金的海上封锁加重了后金统治区内粮食紧张状况。
当时后金驻军在复州卫四处掳掠辽民粮食，明镇江千总：张盘，就利用辽民对后金军的痛恨夜袭城门攻，但后金不甘心失败又调大军反扑，结果明镇江千总在城中设伏再次大败后金军。
另一边明东江总兵还让辽民：张屯，去后金当翻译官（做大明间谍），正巧得知努尔哈赤准备绕道漠南蒙古西征攻打山海卫一带为了牵制后金，张屯就发信联络明东江总兵亲率3万明军直捣后金旧都汗庭［赫图阿拉］以攻其必救。
而后金在赫图阿拉城以南，还设有董骨寨、牛毛寨、阎王寨三座要塞深沟高垒易守难攻，明东江总兵就率部攻占董骨寨又激战16日才夺下牛毛寨和阎王寨，把后金守军全部消灭但后金各地驻军开始反扑，明东江总兵就设伏拦截后金援军。
此时努尔哈赤得知后方事情才放弃西征，率四旗大军回援来救，明东江总兵就考虑到孤军深入且士兵疲劳，又完成了牵制努尔哈赤的任务便撤军，史称「牛毛寨大捷」。
之后明东江总兵又再次重创后金军取得了「乌鸡关大捷」，两次大胜明军先后共斩首后金726人、俘虏14名士兵、妇女5名等等，当时的明太子太保辽东督师：孙承宗，夸奖明东江总兵称；有此能人武将实乃我大明帝国之福分啊？要能多得几个何愁后金不灭啊！并把战报及缴获物资交给明广宁前屯卫兵备佥事：袁崇焕，处理。