这让明宁夏卫总兵只知不敌就上奏朝廷，明神宗立刻调动了明大同总兵：麻贵，在让明宣府总兵：李如松，暂任宁夏卫总兵又以明江浙道御史：梅国桢，充当监军统率辽东都司、宣府三卫、大同府、山西承宣布政司及浙江承宣布政司、再加贵州承宣布政司等地明军一起进行围剿。
几路明军分头行动偷袭各处叛军关卡以此麻痹叛军，明大同总兵捣毁河套部大营又追击叛军土文秀部到贺兰山，在把河套部驱逐到袄儿都司地区，主力明军在明陕西总督：叶梦熊，的指挥下将宁夏卫城池团团包围。
这时明大同总兵提议道“总督大人，咱们光是围城恐怕不能逼迫叛军出来？何不利用黄河之水往城里灌城，水淹叛军让他们失去外援。”
此计马上被明陕西总督采纳，在围攻了十日之后城内叛军弹尽粮绝导致内部起哄，明宁夏卫总兵：李如松，乘机率领辽东明军攻破城门冲进去斩杀哱拜一家平定战事，史称（哱拜宁夏卫之乱）。
刚刚平定了宁夏卫战事的明宣府总兵：李如松，回到朝之后就发生了由安土桃山幕府关白：丰臣秀吉，派遣使者假意借道李氏朝鲜宣称要朝贡大明？
此时丰臣秀吉的南路水师在南洋地区，已经让大明帝国的附属国琉球王国、吕宋都督府都改为朝贡安土桃山幕府了！只有幕府东路军被李氏朝鲜宣祖河城君达孝郡王：李昖，拒绝借道并拦截幕府使者在尚庆道。
由此便拉开了李氏朝鲜与幕府西路军大战的开端，16万幕府军队分三路进攻仅用二个月就把李氏朝鲜八道20万军队打败！只剩下李氏朝鲜全罗道都指挥使：李舜臣，在海上抗击幕府熊野水军统帅大隅守：九鬼嘉隆、幕府熊野水军佐渡守：藤堂高虎，的七百艘战船与4万幕府水师。
由于李氏朝鲜八道被占七道！所以幕府军队驻扎在王城京畿道汉城府附近，还俘虏了李氏朝鲜世子临海君：李珒，与王六子顺和君：李?，因为这两人是李氏朝鲜宣祖郡王的至亲故此被幕府倭军优待他们打算以此相要挟，而李氏朝鲜宣祖郡王则逃到平安西道平壤府义州地区。
同时李氏朝鲜以朝鲜右议政：柳成龙，为主的群臣开始拥力王二子：李珲，为（世子邸下）继续抵抗倭军形成（分朝政权），李氏朝鲜宣祖郡王与琉球尚宁郡王两人相继上报大明帝国请求发兵抗倭，其中李氏朝鲜宣祖郡王还要求内附辽东都司，但被大明朝臣们一致反对。
此时明兵部左侍郎：宋应昌，就建议皇帝陛下先派出明辽东副总兵：祖承训、明辽东游击：史儒，先带5千明军在李氏朝鲜右议政的带领下前去抗击，丰臣秀吉的第一军摄津守：小西行长、和第二军大名：加藤清正、第三军参议：岛津义弘。
本来明军交战很顺利的但由于轻敌中计5千明军先后在平壤府战死！消息传回朝中之后明神宗才封明兵部左侍郎：宋应昌，为辽东经略与明辽东提督：李如松，等明将一起带领5万明军和3百东厂锦衣卫先行前往李氏朝鲜支援。
这让察言观色的明建州左卫指挥使：佟努尔哈赤，借此机会第二次入京朝贺大明天子，还带来了许多贡品进献皇帝陛下，他在得知幕府倭军入侵李氏朝鲜的消息后故意大为震惊，并上奏明神宗说道“臣恳请天皇帝陛下准许，臣带本部子民赶赴李氏朝鲜前线，剿灭这些个危害朝廷的倭寇。”
此举深得明神宗的信任但佟努尔哈赤毕竟非中原人士，明神宗为了防止建州女真三卫势力扩大到李氏朝鲜，在加上李氏朝鲜宣祖郡王也拒绝让东虏军队前来支援。
于是明神宗就回信说道“爱卿忠义可嘉，朕很是欣慰但此次战役关乎到朕的帝国威严，爱卿不必插手！”为了表示他的忠心明神宗特赐了（冠服）又封（龙虎将军）的称号给佟努尔哈赤，另外朝廷为了尽快平定倭乱就诏命黔蜀两地会勘。
其中明播州宣慰使：杨应龙，也来参加但他赴蜀而不赴黔受审？这按大明律依法当斩但念及幕府倭军进犯李氏朝鲜，故此朝廷急需将才又恰好明播州宣慰使服软请求献金赎罪，并声称要带兵征倭才被明神宗准许，然而明四川巡抚：王继光，却坚持严提勘结逼得明播州宣慰使抗命不出！无奈之下朝廷下令出兵征剿。
明万历二十一年公元1593年明军到达李氏朝鲜时明辽东总兵：李如松，就派东厂锦衣卫队秘密侦查幕府倭军情况，然后才下令进攻李氏朝鲜陪都（平壤府）以辽东铁骑与火铳队击败幕府小西行长的铁炮军队，获得了（平壤大捷）又夺开丰郡扭转了战局从而又进逼李氏朝鲜王城京畿道汉城府。
但在王城三十里外的碧蹄馆之时因轻敌中埋伏，使得辽东明军损失惨重！还让明辽东总兵身受重伤差点阵亡！
此时明御倭副总兵：刘綎、明中军都督府署都督佥事：陈璘，率领的明军才刚到李氏朝鲜，随即就切断幕府倭军的粮道，让幕府倭军不得不放弃攻打王城汉城府的计划，从而退到釜山与明军谈判，为争取时间等待其余幕府军队的到来，在倭军退出汉城府之后李氏朝鲜宣祖郡王又迎驾重回到王城境内合并分朝政权。
同时明兵部尚书：石星力，得知幕府倭军有意和谈？但幕府却提出以大同江为界等无理要求时谈判破裂，而且幕府倭军还大规模破坏李氏朝鲜郡县杀人无数所以遭到大明帝国拒绝，不过很快幕府倭军就服软了由于倭军长途跋涉抢夺粮食，战后尸体没有及时处理导致腐烂等原因而引生了瘟疫。
这让幕府倭军更加希望议和，恰好大明方面户部与兵部都希望尽快结束战争，于是明兵部尚书只好同意议和，他在帝都紫禁城外找到了市井混混：沈惟敬，此人是一个巧舌如簧的（忽悠老）能说会道还精通各国语言。
正是理想的人选所以明兵部尚书就派沈惟敬充当（通事），与安土桃山幕府第一军肥后国藩主摄津守：小西行长，在龙山议和首先由小西行长提出说道“大和语：要想我们退兵很简单只要答应我们提出的六个条件即可，第一咱们必须要迎娶明帝公主为后阳成天皇后、第二必须让大明天子与我幕府发展勘合贸易、第三必须明幕两国武官永誓盟好互相不得侵犯海域、第四李氏朝鲜王城京畿道与平安东西道、宁安南北道、黄海左右道归还李氏朝鲜，另外的江原道、忠清左右道、尚庆左右道、全罗左右道这四道割让给我幕府、第五李氏朝鲜送一王子到幕府作为人质、第六交还李氏朝鲜宣祖郡王的二位王子及其他李氏朝鲜官吏、第七李氏朝鲜大臣们永誓不能叛变幕府。”
谁知明通事：沈惟敬，想都不想直接一口气全部答应下了这七条丧权辱国的要求！只对小西行长说道“大和语：你们必须先撤兵在遣使到我大明帝国赔罪就行了，当今陛下还会封关白殿下为王的。”话虽如此但明通事却对同行的明海州卫参将：谢用锌、明海州卫游击：徐一贯，等人慌称丰臣秀吉已同意向大明称臣并请求封贡，并且还下令退出所有的幕府倭军。
随后小西行长立刻写信给丰臣秀吉汇报道“大和语：明国使者已经同意了臣提出的请求，只需要派遣使者与明使一同前去帝都紫禁城，让大明皇帝批准实行即可。”丰臣秀吉大喜立马同意这就达成了所谓的（龙山协议）其实就是鸡同鸭讲！沈惟敬利用大明群臣不懂大和语来瞒天过海，而小西行长则利用丰臣秀吉不懂汉字来欺骗他。
此时南方的明四川巡抚：王继光，正出兵进剿播州宣慰司以抵达娄山关，就遭遇到了明播州宣慰使的投降？使得明军犹豫不决播州军趁着明军不备，暗地里遣兵夺关冲杀明军！导致明军大败死伤过半随后明四川巡抚被革职。
同时大明建州左卫指挥使龙虎将军：佟努尔哈赤，趁着大明调兵之际就打着大明龙虎将军的口号来稳定女真各部，毕竟他已经改姓（佟）就算光明正大派出军队去攻打女真各部也不会被朝廷怀疑，哪怕是女真仇人也猜不到是谁灭他们的部落！佟努尔哈赤就利用这个假名字率兵东征攻打长白山女真各部。
这让海西女真叶赫部东城贝勒：纳拉·纳林布禄、西城贝勒：纳拉·卜寨，特别不满就飞鸽传书联系了哈达女真贝勒：纳拉·猛骨孛罗、乌拉女真贝勒：纳拉·满泰之弟：纳拉·布占泰、辉发女真贝勒：纳拉·拜音达里。
同时又联合了长白山女真二部的朱舍里女真、讷殷女真，在加上漠南蒙古科尔沁、锡伯、卦尔察三部组成（九部联军），以叶赫女真部为主指挥共3万人，分兵三路旌旗浩浩荡荡的直奔建州女真左卫佛阿拉城而来，准备向建州女真发动进攻。