当崇祯皇帝初步定下了由武兴伯王辅担任后备军都督府左都督一职之后，就让人到保定传旨，将王辅召到京师，在乾清宫中召见了他，不仅详细地谈了自己对于后备军都督府的设想，而且也谈了借助新军训练大营，进一步为边军、近卫军以及海军训练新兵的思路。
在这次接见的最后，崇祯皇帝问了武兴伯王辅对新军训练大营选练士卒的看法，崇祯皇帝说：
“近卫军第一镇、第二镇将士，皆武兴伯于涿州大营所练之兵也！居庸关之战、紫荆关之战，令行禁止、坚忍不拔，朕心中十分满意！
“朕今日召卿来所谈种种，想必卿心中明了。朕想知道，于练兵一事，卿有何种心得？”
崇祯皇帝知道王辅练兵以严厉见长，此时问他这话，就是想看看他当了近卫军第二镇的都统制使，得封了武兴伯之后，是不是心甘情愿地交出近卫军第二镇，然后担任后备军都督府的左都督，从此之后专门为其他都督府旗下的军队做嫁衣。
结果，武兴伯王辅说：“臣自来军法严酷，练兵皆以严字为先！数年之前，臣在东江之时，本以为臣之一生事业已到尽头！
“未料到陛下即位以来，锐意重武，不以臣边鄙小将出身卑微，委之涿州团练总兵官一职，将朝廷编练新军事业托付于臣！
“此后，更以臣为新编近卫军第二镇都统制使，出镇紫荆关抗击建虏，使臣得偿平生夙愿！”
武兴伯王辅表达了表明了态度之后，接着说：“臣以为，朝廷练兵之主旨，当以能效命于疆场为归宿！
“欲其效命于疆场，尤宜于平时竭尽手段以修养其精神，锻炼其体魄，娴熟其技艺，如此临事之际，方能有恃而不恐！
“盖因战争之事，或者跋涉于冰天雪野之间，或者驱驰于酷暑恶瘴之地，或在雨雪之中露营，或是昼夜兼程行军，常常寒冷而不得衣，饥饿而不得食，渴饮而不得水。
“更有如今火器之渐遍及，枪林弹雨之中，血肉横飞，极人世所不见之惨烈，受常人所不经之困苦，其精神、其体力，非于平时养之有素、练之有恒，临战之时岂能堪用？！
“是以，常令军中士卒习劳忍苦，乃臣治军练兵之第一要义！而臣驭兵之道，也以使之劳苦为不二法门！”
崇祯皇帝听了王辅这个话，想起王辅之前在涿州担任新军训练大营都统制时的表现，以及在紫荆关率军作战时的表现，知其言行如一，当下点头同意，将这个在崇祯皇帝心中地位不亚于边军都督府的重任，交给了武兴伯王辅。
在崇祯皇帝的设想之中，类似涿州新军训练大营这样规模的新兵训练基地，将来还要在东西南北，乃至沿海地区，或者海岛之上，分门别类再建个三到五个呢。
在将来西北平定了之后，要在西宁设立一个专门针对高原气候的训练大营，专门为在高原地区驻守作战的边军或者近卫提供合格的兵员。
同样的道理，北方的兵员，一时半会儿适应不了大西南地区以及安南缅甸等地的气候，那么就需要在西南地区的某地，设立一个类似涿州这样的训练大营，为南方军队提供经过了适应性训练的兵员。
还有就是海军，要想让海军士卒训练有素，同样需要在海边或者海岛之上，设立一个新兵训练大营。
不过所有的这一切考虑，都要有一个性格坚韧的人来执行。
同时，不管是南方北方，高原或者海上，镇守或者作战，都需要军中士卒能够习劳忍苦，畏惧军法更甚于畏惧死亡。
做不到这一点，其他不管什么样的训练，都是无源之水无本之木。
崇祯皇帝将自己的这些想法，对这位新任的后备军都督府左都督和盘托出，倒是让武兴伯王辅从心底里对眼前这个生于深宫之中长于妇人之手的皇帝钦佩不已。
同时，对于后备军都督府在皇帝心目中的地位也有了新的认识。
从近卫军第二镇都统制使的位置上，来到一个相当于是指挥管理乡兵民勇的后备军都督府任职，冲锋陷阵了几乎一辈子的王辅，心里不可能一点想法没有。
如今看崇祯皇帝对后备军都督府如此重视，设想得如此长远，再一想想，数年之后，天下之兵，九边也好，近卫也好，都将尽出自己之手，这个成就感一下子就油然而生了。
到了六月，设在京师城中的近卫军都督府、边卫军都督府、内卫军都督府以及后备军都督府，还有设在天津的海军都督府，都督和护军以上的人选，全部确定，就只等着所有人选到任之后，然后明旨昭告天下，正式入主接管原来的五军都督府了。
至于原来的南京五军都督府，崇祯皇帝接受英国公张惟贤的意见，暂时予以保留，以原来的管理南方沿海卫所的南京左军都督府，为南京行海军都督府，以原来南京前军都督府为南京行边卫军都督府，以原来南京中军都督府为南京行近卫军都督府，以原来南京右军都督府为南京行内卫军都督府，以原来南京后军都督府为南京行后备军都督府。
实际上，这就等于是将原来的南京五军都督府之前加个行字而已，表示它们是京师五军都督府在南京的代行指挥机构。
其他的并没有什么大的变化，不过是如同京师的五军都督府一样，每个都督府都多了护军与参军之设罢了。
尽管如此，崇祯皇帝担心这样的调整可能某些世家勋贵的利益，为了避免出什么乱子，还是让南京镇守勋臣魏国公徐弘基担任了南京行五军都督府的权行大都督，令南京兵部尚书武之望出任南京行五军都督府的权行上护军，同时让南京镇守太监王之心担任了南京行五军都督府的监军内臣。
好在一两年前，崇祯皇帝曾经痛下决心，将南京勋贵之中掌权的一些害群之马，已经清除掉了一批。
如今坐在南京五军都督府与南京京营高位之上的勋贵，比如怀远侯常延龄、博平侯郭振明、诚意伯刘孔昭和南宁伯毛孟龙这些人，都是当时杀了前一批勋贵之后，由崇祯皇帝亲自扶起来换上去的。
而这些原本边缘化的人物，与南京五军都督府二百多年来形成的盘根错节的利益关系，牵连不大，涉足也不深。
当时整顿南北两京的世家勋贵，其中一个重要的目的，就是为了有朝一日，为重组五军都督府预作准备。
到了这个时候，当时痛下杀手预作的那些准备，终于派上了用场。
说起来，如今这位崇祯皇帝也是忍耐了很久。
在当年整肃了南北两京的当权勋贵之后，他就想要改革大明朝的军事指挥制度，但是终究没有敢于去做。
直到如今近卫军第一镇、第二镇真正成军，直到如今打退了建虏的大举入侵，直到提拔重用一批新晋勋贵，取代了被清除的那些老勋贵，树立起自己在朝中和军中的权威，他才终于敢将这件事情提上日程。