一、早年仕途
孙士毅的早年仕途充满了曲折与机遇。乾隆二十六年（1761年），他通过科举考试，成为一名进士，开始了他的官宦生涯。起初，孙士毅以知县的身份等待授官，然而他的才华很快就引起了皇帝的注意。第二年，即乾隆二十七年（1762年），乾隆帝南巡期间，特别召见孙士毅并让他参加考试。这次机会对孙士毅来说至关重要，因为他凭借优异的表现被授予内阁中书一职，并且很快又升迁为军机章京，随后又被提拔为侍读。这一系列快速的晋升，显示了孙士毅不仅具备出色的行政能力，而且在学术上也有很高的造诣。
乾隆三十四年（1769年），当大学士傅恒率领大军远征缅甸时，孙士毅因其出色的文书处理能力和对政务的深刻理解，被委派掌管章奏，负责处理前线与朝廷之间的文书往来。战争结束后，由于他在军中的出色表现，孙士毅得到了应有的表彰，先是被任命为户部郎中，不久之后又晋升为大理寺少卿。这个时期，孙士毅的职业生涯达到了一个小高峰，他不仅在中央政府中担任重要职位，而且还被派遣到地方任职，担任广西布政使，随后更是被提拔为云南巡抚。
然而，好景不长。乾隆四十五年（1780年），云贵总督李侍尧因贪污腐败被揭发罢官，孙士毅因未能及时检举李侍尧的不法行为而受到牵连，导致他被解除了云南巡抚的职务，并被发配至伊犁，家产也被抄没，生活陷入困顿。这段经历对孙士毅来说是一次沉重的打击，但他并没有因此而放弃自己的信念和追求。
幸运的是，乾隆帝后来认识到孙士毅为官清廉，并对其过往的贡献给予了肯定。为了弥补之前的错误，乾隆帝决定给予孙士毅新的机会，任命他为《四库全书》的编纂者之一，并授予他翰林院编修的职位。在编纂《四库全书》的过程中，孙士毅展现出了极大的敬业精神和学问深度。书成之后，他被提升为太常寺少卿，这标志着他的官职得到了恢复。
之后，孙士毅再次被委以重任，先后担任山东布政使和广西巡抚。当他迁任广东巡抚时，面对广东复杂的治安环境，孙士毅立即向朝廷提出了自己的见解，强调只有保持个人的廉洁，并严格管理下属，才能有效地治理地方。乾隆帝对此表示赞赏，并鼓励他学习前任广东巡抚李湖那种雷厉风行的作风。
二、总督两广
不久之后，孙士毅被任命为代理两广总督。在这个职位上，他面临着一系列挑战，包括如何提高军队的战斗力和改善地方治理。陕甘总督福康安提出加强军队训练的建议后，乾隆帝命令包括云南、贵州、四川、两广、福建在内的多个省份参照执行。孙士毅积极响应这一号召，向朝廷提议在广东训练水陆士兵共计28,532人，在广西训练士兵11,296人。他主张选拔身体健壮、技艺熟练的人进行训练，并要求各地的督抚提镇切实履行训练职责，同时制定了严格的规章制度来改变长期存在的不良习惯。乾隆帝对于孙士毅的提议表示赞同，认为这些措施可以逐步实施，但必须确保效果。
在担任两广总督期间，孙士毅面对的另一个重大问题是广东地区的民风彪悍和大量未缴纳的赋税。一些地方官员要么向上级报告，要么用自己的私财来填补缺口，但这些方法并没有从根本上解决问题。孙士毅深入调查后，派遣精明能干的官员前往欠税最严重的地区，依据当地的账目进行核查，并将核查到的款项用来偿还那些自掏腰包的官员。这种做法既解决了欠税问题，又保护了基层官员的利益，赢得了乾隆帝的高度评价。
在处理地方治安方面，孙士毅同样表现出色。茭塘地区聚集了许多盗贼，他们不仅反抗官军，还伤害官员。孙士毅果断采取行动，捕获了叛乱头目，并公开处决，以此震慑犯罪分子。乾隆帝对此十分满意，奖励了孙士毅顶戴花翎的荣誉。
此外，孙士毅还处理了前任两广总督富勒浑的仆人贪污事件。他按照法律程序处理了这些违法行为，并促使富勒浑因此被罢官。乾隆帝鉴于孙士毅公正无私的态度，正式任命他为两广总督。面对前任提出的关于广东盐务改革的问题，孙士毅提出了具体的解决方案，包括调整运船数量、恢复原有的税收制度以及逐步恢复部分商埠。这些措施得到了朝廷的认可并得以实施。
乾隆五十二年（1787年），台湾发生了林爽文领导的起义，孙士毅亲自前往潮州指挥防务。在支援平叛的过程中，他不仅派遣部队协助剿灭叛军，还迅速安排了牲畜饲料和武器装备。清廷对孙士毅的贡献给予了高度认可，授予他太子太保的头衔，并赐予他双眼花翎和一等轻车都尉的世袭职位。
三、用兵安南
乾隆五十三年（1788年），孙士毅因平定台湾林爽文起义的功绩，其画像被悬挂于紫光阁，以表彰他的贡献。同年，安南（今越南北部）发生内乱，国王黎维祁被权臣阮惠驱逐，黎维祁的妻子、母亲及家族成员共二百余人，在几位忠臣的护卫下，逃往广西太平府龙州斗奥隘对岸，寻求援助。孙士毅得知消息后，立即派兵前往龙州，加强对镇南关的防御，并做好随时支援的准备。乾隆帝对此表示赞赏，并命令孙士毅率军自广西进入安南，同时派遣云南提督乌大经从蒙自方向进军支援。
阮惠得知清军即将进入的消息后，立刻派遣军队在寿昌江一带阻击清军。孙士毅率领的大军抵达后，迅速击败了阮惠的抵抗力量，并顺利渡过寿昌江，继续推进至市球江。在此过程中，孙士毅巧妙地运用战术，表面上在市球江下游架设浮桥，制造出要从此处渡江的假象，实际上却秘密派遣总兵张朝龙从上游过江，攻击敌军后方。这一计策使得安南军队陷入混乱，孙士毅随即率军乘筏渡过大江，迫使安南军队仓皇溃退。
随后，孙士毅继续带领清军前进至富良江。这里南岸即是黎城，阮惠集结了所有战舰在南岸防御。孙士毅命令士兵使用木筏渡江，并派遣提督许世亨率二百人于夜间渡江，夺取阮惠的船只。次日清晨，已有两千多清军成功渡江。阮惠的军队慌忙弃船逃跑，张纯率军追击，焚烧敌船，清军顺势攻入黎城，阮惠败走富春。孙士毅迎接黎维祁返回军中，并按照乾隆帝的旨意，正式册封黎维祁为安南国王。孙士毅因此功绩被封为一等谋勇公，并获赐红宝石顶。但他本人谦逊，请求辞去这些荣誉，但未获批准。
然而，好景不长。乾隆五十四年（1789年），阮惠重新集结力量，再度攻打黎城，迫使黎维祁再次逃亡。此时，孙士毅已率军北上，渡过市球江，在江北驻扎。阮惠的军队紧随其后，清军总兵李化龙在断后过程中不幸落水身亡，而浮桥被破坏，导致提督许世亨等人战死。孙士毅被迫退回镇南关，并将黎维祁及其家人安置在南宁。乾隆帝认为孙士毅未能遵循诏令及时撤军，导致了此次失利，遂罢免了他的爵位，并收回了之前授予的红宝石顶和双眼花翎，解除其总督职务，改由福康安接替。
在这之后，阮惠追击清军至富良江附近。孙士毅意图再次渡江与阮惠决战，但遭到许世亨的劝阻，认为此举有损大清国威。孙士毅最终选择撤军，并上书自我检讨。清廷令他继续驻扎镇南关处理事务。不久，阮惠派遣使者请求归附大清，福康安到达后，与孙士毅一同严厉斥责阮惠的使臣。孙士毅认为黎维祁无力维持统治，建议册封阮惠为安南国王，乾隆帝接受了这一建议。
不久后，孙士毅被召回京师，被任命为兵部尚书，并充任军机大臣，入值南书房。同年冬天，他又被派往四川代行总督职务。然而，一年后，他被免去了总督之职。不久，因两江总督书麟因高邮书吏伪造印章非法收税而被治罪，清廷任命孙士毅接替他，并指示他严肃处理此事。孙士毅在江南地区认真履职，继续为朝廷服务。
四、远征后藏
乾隆五十六年（1791年），孙士毅因在平定台湾林爽文起义和处理安南事务中的杰出表现，被清廷授予吏部尚书、协办大学士的高位。这一年，廓尔喀（今尼泊尔）入侵西藏，威胁到了清廷在西南边疆的稳定。面对这一紧急情况，清廷迅速作出了反应，任命孙士毅暂时代理四川总督一职，负责监督大军的军饷供给。
孙士毅深知此次任务的重要性，他从打箭炉出发，一路向西，驻扎在察木多。在那里，他不仅需要确保军需物资的供应，还要密切关注前方战局的变化。随着清军进入后藏地区，孙士毅亲自前往前藏，亲自监督军饷的运输情况，确保前线将士能够得到充足的后勤支持。由于他在这一过程中表现出色，清廷再次对他进行了表彰，赏赐双眼花翎，以示嘉奖。
次年，即乾隆五十七年（1792年），在孙士毅等人的共同努力下，廓尔喀的入侵被成功平定。为了表彰孙士毅在此战役中的贡献，清廷将他的画像再次悬挂于紫光阁，作为对他的荣誉象征。此外，他还被任命为文渊阁大学士，并兼任礼部尚书。与此同时，孙士毅与福康安、和琳共同驻扎在前藏地区，商讨战后的各项善后事宜，以确保西藏地区的长期稳定。
在此期间，福康安率领金川土司觐见乾隆帝，孙士毅被再次任命为四川总督，继续负责相关事务。不久之后，福康安调任云贵总督，由和琳接替其职务。乾隆帝命令孙士毅留在四川，处理与廓尔喀战役相关的军需奏销事宜。孙士毅意识到福康安和和琳在前线的重要性，上奏请求允许二人继续留任，但乾隆帝并未批准此请求。
五、剿乱病死
乾隆六十年（1795年），湖南地区爆发了苗族起义，叛乱势力甚至渗透到了四川秀山境内。面对这一紧急情况，孙士毅被委以重任，率军前往当地平叛。他迅速组织兵力，驻守关键地点，有效地遏制了叛军的进一步扩散。孙士毅不仅亲自指挥作战，还采取了一系列措施，加强了地方的治安管控，稳固了局势。
嘉庆元年（1796年），湖北的白莲教起义愈演愈烈，并蔓延至四川的酉阳地区。孙士毅再次临危受命，迅速调整战略部署，将部队转移至来凤地区，积极展开对白莲教叛军的清剿行动。在他的指挥下，清军取得了多次胜利，孙士毅也因此功勋被封为三等男。
在一次战斗中，白莲教叛军退守至茶园溪，连续的暴雨使得叛军放松了警惕。孙士毅敏锐地察觉到这一时机，决定发起夜袭。他精心策划，挑选精锐部队，在深夜时分对叛军营地发起了突袭。清军手持短兵器，勇敢地与叛军展开近身搏斗。千总张超更是身先士卒，手持长矛冲锋在前，一举突破了叛军的防线，斩杀了叛军首领，并追击四十余里，彻底击溃了叛军主力。
尽管取得了这场战斗的胜利，但孙士毅并未放松警惕。他深知叛军可能会再次集结力量，便率军继续追击，直至叛军退至旗鼓寨。孙士毅指挥部队紧随其后，对叛军残部进行围剿。在这一系列战斗中，孙士毅展现出了卓越的军事才能和坚定的决心。
然而，长期的征战与劳累对孙士毅的身体造成了巨大的负担。在嘉庆元年（1796年）六月，孙士毅因病逝世于军中，享年七十七岁。他的去世对清廷来说是一个巨大的损失。孙士毅一生致力于维护国家的统一和社会的安定，尤其是在平叛过程中所展现出的英勇与智慧，赢得了朝廷和百姓的高度赞扬。
清廷为了表彰孙士毅的功绩，追赠他为公爵，并赐予他“文靖”的谥号，以纪念他为国家所做的贡献。
结语
孙士毅不仅在政坛上留下了浓墨重彩的一笔，在文学领域也有着不小的成就。他一生着有《百一山房集》，其中包含了大量的诗歌和赋作，这些作品往往深刻地反映了当时社会的现状以及普通百姓的生活状况。