灵璧之战的胜利为燕军打开了南下的大门，他们如猛虎下山，势不可挡。五月初七，燕军一路向东南方向直线前进，迅速攻下了泗州。这座城市的陷落，为燕军提供了一个重要的补给点和战略支点。
稍作休整后，燕军继续挥师南下。五月十一日，他们向扬州方向挺进，一路势如破竹。短短几天后，五月十七日，燕军便抵达了天长（位于扬州西北50公里）。天长的守军虽然进行了顽强的抵抗，但在燕军的强大攻势下，最终败下阵来。
扬州的监察御史王彬本有意组织抵抗，但不幸的是，他的属下发生了反叛。这些人在他沐浴时突然发难，将他绑缚起来，使得扬州的防守力量大打折扣。五月十八日，面对燕军的威逼和内部的混乱，扬州最终选择了不战而降。
扬州的陷落对南军来说是一个巨大的打击。这座重要的城市不仅是南方的政治、经济中心之一，也是南军的重要防线。扬州的失守使得南军的防线出现了巨大的缺口，燕军得以长驱直入，进一步深入南方腹地。
随后，高邮也在燕军的威逼下选择了归降。这一系列的胜利使得燕军的声势达到了顶点，他们在南方的土地上如入无人之境，南军的抵抗力量已经难以阻挡他们前进的步伐了。
济南城中，徐辉祖、平安、盛庸、耿炳文等人在平行的历史线上正在南方抵御朱棣的进攻，此刻却还是困守城中，济南已经成为一个孤城。外无援兵。整个山东都投降了，包括曲阜孔家的后裔都投降了，他们都上表对朱棣表忠心！
盛庸说：“也不知道朱棣此刻到了哪里了，朝廷的增援力量阻截成功没有？”
徐辉祖长叹说：“估计到长江了吧，阻截？呵呵，估计朝廷现在连自保都困难了！”
耿炳文大惊失色说：“那不是要渡过长江了？”
徐辉祖站起来望着天空说：“长江不是那么好渡的。”他举手抱拳向天致敬说：“太祖高皇帝留了一手，估计此刻应该发挥作用了。”
平安恍然大悟，一下子站起说：“你说的是长江水师！”
燕军先锋兵临长江北岸，屯兵浦子口，朱棣的部将柳升下令搜集船只渡江，一路朱棣的确打得太顺利了！凭借着犀利的武器和训练有素的军队，将建文的军队打得节节败退，两次大战役几乎消灭了建文朝廷的有生力量。
铺子口，柳升正在指挥军队上船，这些船都是附近搜集来的，上船的是凤阳带出来的老部队。是燕军中最为精锐的，他们自告奋勇做先锋。
柳升大声鼓舞道：“当年燕王当百户的时候，我们就是他的第一批兵，今天我们回来也要做过江的第一批兵，打进金陵去，推翻建文小儿，让燕王做皇帝，只有燕王做了皇帝，天下百姓才有好日子过。大家说是不是？”
船上的军官和士卒们大声欢呼响应！
一个军官说：“当年我们被衙役欺负，那个怂逼样子真的没有法看，是燕王来了。那时都不知道他是王爷。他够狠，带着我们收拾了几次来收税的衙役。又给我们修房子，又整肉吃。又分田，从那一刻我就决定一直跟着他走。”
这个时候远处的江面上隐约出现了大船。柳升用望远镜一看，是南军的水师，他明白自己轻敌了！他大声下令：“快，朝回走，前面有南军的战船！”咱们打不了！
就在朱棣准备挥师渡江，一举拿下南方的时候，南军的水师突然出现了。他们驾驶着坚固的战船，如同猛虎下山般冲向燕军的船只。船上的弓弩手和礌石发射器齐齐发射，密集的箭矢和巨大的石块如同暴雨般倾泻而下，将燕军收集的船只摧毁殆尽。
江面上瞬间燃起了熊熊大火，燕军的船只被击中后纷纷起火燃烧，浓烟滚滚，火光冲天。许多燕军士兵还未来得及反应，就被火海吞噬，发出了凄惨的呼喊声。江面上漂浮着大量的残骸和尸体，战况惨烈无比。
然而，燕军并没有坐以待毙。他们迅速组织起岸边的远程炮火进行反击，火炮轰鸣声响彻云霄，炮弹在江面上炸开，激起巨大的水柱。燕军的炮火有效地阻止了南军水师的进一步攻击，否则他们很可能会对岸上的燕军造成更大的麻烦。
尽管南军水师在战斗中表现出色，取得了开战以来的第一次胜利，但可惜的是，这并无法改变整个战局。长江以北的地区已经被朱棣牢牢控制，南军已经失去了战略上的主动权。这场战斗虽然惨烈，但也只是整个战争中的一个小插曲而已。
朱棣在接到战报后，并没有如建文一样发脾气，而是冷静的传达军令：“向北平传令，通知，驻守天津的水师南下，我要控制整个长江，看看谁更厉害”
战报传回金陵，建文勉强松了一口气，暂时不用担忧燕军渡江了！
齐泰说：“皇上，这只能缓一时，我觉得我们还是要做议和的准备！”
方孝孺又开口了“：皇上，千万...”建文打断了他：“方师傅，不要插话！”
另一个卧龙不在，已经被贬回家去了！
齐泰继续说：“一方面我们派人前去和朱棣议和，拖延他进攻的时间，另一方面我们要继续抽调水师驻守长江， 燕军多数是北人，不习水战，无法抗衡，一时之间肯定无法渡江，我们不能再进攻，要集中力量防守，号召天下勤王！”
建文点头同意，就按你说的办吧，这一次他已经聪明了，没有再听卧龙凤雏的。
五月二十二日，朱允炆遣庆成郡主（朱元璋的侄女、朱棣的堂姐）与朱棣谈判。庆城郡主对小的时候的朱棣很好，每次进宫都带朱棣玩，也给他带好吃的，这是促使朱棣开小吃店的灵感来源！朱棣对于她一直很尊重。所以对于堂姐的到来很是热情！
到了大帐中，朱棣设宴款待，与徐辉祖第一次去北平一样的菜，姐弟俩在桌上不谈国事，只吃饭。
饭后，庆成郡主说“四弟，大家都是一家人，你和允文搞成这样，于国于家都不是好事，能否罢兵议和？”
朱棣把茶水亲自端给堂姐说：“那建文是什么意思呢？”
庆成先说：“建文的意思是，你退兵回北平，之前的事情当没有发生，他不会追求，恢复你的王爵。”
朱棣听后哈哈哈大笑起来！反问：“姐姐，你觉得可能吗？意思是大家玩游戏呢？如果是我失败了，我让朱允炆不要抓我，我继续当我的燕王，不南下。不起兵，你觉得朱允炆会答应吗？”