五月司马绍找寻将领，为讨伐王敦，授王导司徒，假节、都督诸军。开始裁汰此前王敦授权的官员，罢免王敦亲族，羊鉴乃王敦之舅受司马绍猜忌。司马绍命桓彝前去试探羊鉴，桓彝见羊鉴，说道：“汝愿事天子还是愿事王敦？”
羊鉴说道：“王氏贼人，悖逆天子，当以严兵杀之此贼。”说完将王敦所赠玉佩解下，于桓彝面前砸碎。桓彝向司马绍说道：“羊鉴可用。”于是命羊鉴为王导监军。
晋明帝又派人找到安东将军刘超命其继续担任安东将军，镇守建康。此时苏峻派自己谋士徐玮和长史邓攸入建康，上书庾亮说道：“朝中正值用将之时，我荐一人可以为用。”
庾亮看后，翌日请徐玮。徐玮和邓攸入府，庾亮设宴问道：“苏将军麾下，可有为将者也？”
徐玮说道：“中书监大人可知刘建？”
庾亮说：“此前败于汲桑之将？”
徐玮说：“正是！”
庾亮说道：“败军之将，不可言勇。何以为用？”
徐玮笑道：“昔日汲桑，公师藩悖逆晋室，刘建将军一人以千卒而抗其百万之师。以一将之责，扼守要塞，诸侯观望，致使兵败。此大功于晋，何谓败焉？”
庾亮恍然大悟说到：“徐先生所言，可谓明也。当速迎接此人，以用朝中！”
于是司马绍留下邓攸命其做尚书左仆射。司马绍又召回刘建，刘建南下，苏峻将一千兵卒交由刘建说道：“此乃广陵精锐，虽不多，若可报于天子，安定晋业之功，你我二人，可同共受！”
刘建领兵南下三日至晋陵见王导，王导见到刘建后，上书司马绍，司马绍重封刘建为征虏将军。
此时朝中为将者寥寥无几，司马绍又命使者向祖约求将，祖约命董昭和麻曳二人前往晋陵，董昭被司马绍任命征讨将军，麻曳为副将。
陶侃也命自己儿子陶瞻带军五千支援朝廷。晋明帝司马绍封其为庐江太守。
晋明帝又派使者前去临海郡松阳城，前召公孙成，使者至公孙成家中，正值公孙成戴孝，使者穿桑服而入，见到公孙珑。
使者问道：“威晋将军何在？”
公孙珑说道：“于后院！”
公孙珑叫公孙成喊道：“朝使至此，当来见之。”
公孙成走出，满容哀愁，两鬓有白，胡长一尺，体态羸弱缓缓说道：“何事而访？”
使者说道：“陛下要讨逆王敦，需良将辅佐，请将军止哀，速回朝中。”
公孙成说道：“我非良将，岂能成事？”
使者说道：“非也，将军继公孙府君之位，与向冰共破汲桑，又随祖逖征逆讨贼，有此履历朝中正需将军之人也。”
公孙珑和张妤劝公孙成道：“此时天子有难，家父泉下有知，必会令汝前去辅佐，汝此时前去，乃家父所期望也。”
使者说到：“公孙府君之志由将军所承也。”
公孙成拿出公孙瑾留下的书，说道：“昔日邓艾赠于我父，父以此书大破王弥，我当继父遗志，匡扶晋室，当以此书大破贼虏。”说完穿起甲胄，带卫亲和章亩留下家书而去，临走时公孙成对公孙珑和张妤说道：“我若不能还，还望藏隐死讯。不能告知二子。”公孙珑和张妤答应公孙成。
于是公孙成随使者前往晋陵，以王导为大都督，重领威晋将军。公孙成来到晋陵，在此见到羊鉴、刘建、董昭、麻曳四人。五人相聚，董昭还带来一人。
董昭说道：“长史罢官戴孝，朝中生事却不得而止。我带一人至此，长史必为之惊愕也。”
董昭说完，綦毋必走出，穿中原服饰，拜公孙成用晋语说道：“长史久日不见。”
公孙成看向綦毋必惊叹到：“汝于何时，束发右衽？晋语畅言，事出何因？”
綦毋必说道：“此王安所授也，长史勿要惊慌。”二人互相拜礼。
公孙成又看向刘建说道：“数十年不见，近来归附何人？”
刘建说道：“司州小子，今观汝有年长之象，言辞依旧如故。若非我刘建当年拖住汲桑，汝等岂能击溃其人？”
公孙成说道：“正是，昔日攻伐汲桑，乃刘将军之勇武也。”
又看到羊鉴，公孙成说道：“羊使君，许久不见。以汝兵识何以为将？”
羊鉴说道：“我纵无兵识，也可诛贼讨逆！”公孙成听后拜向羊鉴。
六人设宴而聚，宴中大谈往事。公孙成举杯说道：“众卿合力，必破王贼！”众人举杯相庆。
翌日王导遣人告之，“当与众将共议征王敦之事。”众人面见王导，王导说道：“诸位此前皆为将帅，皆有统兵之识，今王敦叛乱，天子受其威胁，我等当共击贼虏，以报天子。”
众人言：“诺！”
司马绍想亲自前去探察敌情，夜中诏温峤前来商议，被温峤力劝。
温峤说道：“陛下新登位临国，何故亲自探明敌情？”
司马绍说道：“朕闻知己知彼，方能百战不殆。因而如此！”
温峤劝导：“陛下执意若去，臣便同往。”
司马绍说道：“卿何出此言，乃朕失言，失言。听从卿言，不能亲赴。”说完向温峤保证看到温峤离去。
司马绍自己便出了宫，黄门侍郎苗方看到后并拦住司马绍说道：“天色已晚，陛下欲去何处？”
司马绍说道：“朕欲往石头城，勘查防务，车马已备，卿勿要多问。”于是苗方不再阻拦，
司马绍欲去偏殿，乘守卫懈怠，避开守卫，入殿，脱下红袍，袍上绣有两条金龙，脱下帝履，带着七宝鞭。司马绍换上四品官衣。开门出殿，守卫听到动静后，夜中黑暗，向偏殿处问到：“何人耶？”
司马绍说道：“王协也。”守卫看向司马绍，夜中看不清楚，只是说：“官人走好。”
司马绍扬长而去，出京师之时，乘骑巴滇，快骑前往于湖。司马绍看到王敦军帐，王敦军营周围摆灯，亮如白昼。司马绍骑马一时，快驰而至。司马绍，远视一圈。此时王敦正在睡觉，做噩梦梦见，太阳绕营，炽热难忍，麾下军士纷纷崩逃，自己亲属纷纷被杀，自己却于木棺之中，被人弃至旷野。
王敦惊醒，对麾下问道：“吾梦太阳绕城，何意也？”
麾下卦师说道：“天子乃太阳也，太阳绕城，必是天子而至。”
于是王敦命麾下五位骑兵，前去追寻。并对其说道：“若能生擒此黄须儿，尔等必有重赏。”
司马绍看到王敦营中走出五骑，此时自己的巴滇马拉出马粪，于是司马绍用水壶灌了河水将马粪浇冷，快驰而走。骑马遇见一个老妪卖饼，司马绍赶到饥饿，于是说道：“老人家饼还有否？”
老妪说道：“有，官人需几个？”
司马绍说：“三个足矣。”
于是老妪掏出三个饼递给了司马绍，司马绍吃完饼，正要走时，老妪拦住。说道：“官人还未予饼钱。”
司马绍解下七宝鞭赠于老妪，说道：“此价值千金，可抵饼钱。若有骑兵来问，就将此鞭示之其人。”说完司马绍骑马而走。
五个骑兵到了司马绍马拉粪的地方，为首一人下马尝粪，说道：“已冰冷如石，恐离去久也，不如四周而视。”
于是五人四处搜寻，见到卖饼老妪问道：“可有见一黄须儿？”
老妪说道：“走之久矣，留下马鞭。”
说完将马鞭给他们看，五个人围在一起，看到宝鞭上宝石满目，于是众人拿刀剜鞭，扣下宝石数个。五个人将宝鞭带走，返回军营。
王敦得知五人无功而返，大骂五人无能，突然倒地不起，过了一会，游医郦毮拿出“续命丸”喂食王敦，投喂三颗，王敦起身，下命整备兵马，不日攻城。
此时司马绍回京师，穿四品官服，入殿，宣百官入朝议事，众人上殿见司马绍穿四品官衣，无不震惊。温峤瞬间明白昨日夜中司马绍必是已经亲自前去巡视王敦军营。只能说道：“陛下如此危险之举，不与众臣商议便亲自而为？”
司马绍说道：“卿勿忧也，朕观王敦军士，易可破也。”
于是加封温峤为中垒将军，持节，都督安北诸军事。封王导为扬州刺史。讨伐王敦。
王敦于朝中亲信，向王敦报告此事，王敦大怒。向王导写信道：“吾对温侯信任有加，温峤竟作如此之事！”于是王敦要发“清君侧”，上书写到：“温峤罪臣，口无遮拦，祸国殃民，当以此拔其舌也！”
写完信王敦又倒下去，又食“续命丸”。钱凤劝道王敦：“如果您此时而驾鹤西去，那后事当托付于王应。”
王敦说道：“非常之事，岂非常人所能？且王应年少，安可托付大事？我死之后，若尔等散兵归田，身事朝廷，保全门户此乃上策。若退还武昌，举兵自守，此前如故，此乃中策也。若乘我此时有喘息之机，率众东进，改朝换代，此乃下策也。”
钱凤说道：“主公所言之下策，实乃上策也！”于是暗中又向沈充递信，密谋起事。
王导得知王敦大病又吃“续命丸”。于是王导披麻戴孝代领京中王氏子弟为王敦发丧，哭祭道：“敦兄，乃朝廷肱骨，今日去之，实哀哉矣。”
王氏众人纷纷哭拜，京中之人得知王导此举，皆啼笑皆非。王敦军中之人听闻王敦已死，且王导为其举哀，于是军心动摇。王敦拖着病体出面，巡视军队，军队稍有稳定。
司马绍于是下诏：“此时贼首已毙，朕欲命各军出击，讨逆余贼，王敦受其钱凤所始，屡悖朝廷，有负天子，人神共愤，社稷之危，皆在此一举，王敦已薨，贼首钱凤，煽动叛乱，是可忍孰不可忍，六军之师当伐钱凤！”
于是下诏“以王导为大都督，中垒将军温峤，威晋将军公孙成，征虏将军刘建，建兴将军董昭，甲士五万，十路并进，讨逆钱凤，又以平西将军司马遂，兖州刺史刘遐，鹰扬将军苏峻，奋威将军陶瞻，领兵三万由水路攻钱凤。朕亲领六军，以左卫将军庾亮，右卫将军刘胤，护军将军应詹，中军将军卞壸，骁骑将军段秀，中军司马曹浑，左卫参军陈嵩，护军司马钟寅，镇南将军司马佑，以甲士三万征讨钱凤。”
晋明帝司马绍又下诏：“今日为诛，唯钱凤一人耳！有能杀钱凤送其首级至京者，封五千户侯，赏布五千匹！”