程小棋见今日战况卓着，杀了飞玄门不少人，而对方提出罢休。程小棋喊道：“只要你们飞玄门放弃入侵地球的计划，我便放过尔等。”
波旬道：“不可！祖师，程小棋他……”
飞玄说：“好！我答应你。”说完五道光华消失不见，波旬仍然未动。突然天空传来飞玄的声音：“你还不上界？”
说完，波旬也一道光华飞升上界。
程小棋回到三源天侠炎宗分舵后，交代弟子说：“尔等要时刻提防飞玄门门人前来造次，直到三源天界时空缝隙全部填平后，方能撤出。”
又对重楼说：“楼哥！你以后就留在这儿吧！有你在，我放心。”
重楼笑道：“包在我身上，我必定收服这个世界。”
程小棋摸头笑道：“收服就不必了。”
又对白秋然和硫克说：“你们想留下吗？”
硫克答应留下，可白秋然却厌恶这个地方，程小棋便答应白秋然的请求，带他离开。
墨月之神此时已经杀死了紫衣门主，飞回来说：“我就留下来吸收香火之力填平时空缝隙吧！”
她身边的老妪说道：“我这一生做了许多错事，余生愿意侍奉墨月之神。”说完搬来一箱苹果，硫克见了苹果两眼放光，众人哈哈大笑。
就在程小棋要退出三源天界之时，此时冥府之门打开，出来无数黑白无常，牛头马面。
程小棋警觉了起来，说：“白秋然，做好战斗准备，别被抓了去。”
白秋然抓狂地说：“不应该呀！我吃了延寿丹了。”
此时鬼差们朝着老婆婆走来，墨月之神怒喝：“你们要干什么？”
程小棋明白了，他们是冲着这个行将就木的老妪来的。
鬼差说：“尔天人五衰，阳寿已尽，理应再入轮回，随我等走吧！”
老婆婆微笑道：“谢谢墨月之神，你为老身做得够多了，我很满足。”
墨月之神不舍道：“可是……”
老婆婆笑道：“我入轮回，总比入地狱要好得太多，下辈子我还要侍奉您，墨月之神。”
此时墨月之神已经泪眼婆娑。
老妪的魂魄被勾走后，程小棋等人为老妪举行了葬礼，让张角和于吉为其超度亡魂，往生极乐。
三源天宫内，一到六天祖在原地打坐，诸位真仙纷纷侧目，心说：“飞玄一脉又多了个飞升上界的怪物。”
第六天祖说：“程小棋实在可恨，祖师爷为何不灭了他。”
飞玄缓缓说道：“虽说修仙一途强者为尊，但必要时也要保存实力。”
黑玄说：“其实你不必纠结于地球的时空缝隙，参悟超凡轮回经亦可穿越诸天万界，到时候再去地球报仇，为时未晚。”
第六天祖说：“弟子明悟了，这就参悟超凡轮回经。”于是六个魔头停止了喧哗，在三源天宫内开始了静修，等待三源天神的到来……
临走前，墨月之神将超凡轮回经交给了程小棋，三源天宫内修行的真仙万万没想到超凡轮回经竟然在一个异界的小姑娘神手中。
超凡轮回经大成后可步入金仙，可不借助系统穿越万界，而墨月之神由于自降神格，失去了金仙之体，也不能随意穿越万界了。
而程小棋观超凡轮回经中居然有化解佛门业力的功法，于是开始修行起来。要知道佛门业力一天在自己身上，他一天就寝食难安。
于是程小棋在一方世界日夜修行，时光匆匆而过，十年过去了，他已经将超凡轮回经练至小成。
一日，程小棋出关，查看主世界过去了一秒钟都不到，心想去主世界看看吧！
主世界此时仍然笼罩在外星人入侵地球的后怕中，各国开始着力发展科技，甚至一度展开科技军备竞赛。
这一天，程小棋下课后，滨海大学的导员开了场班会，他为所有接本的学生设置了科技类的选修课，这一下子，所有学生怨声载道，他们文科班，学什么科技选修课。
但没办法，大环境如此，所有人都硬着头皮选课了。
程小棋选了一门“多维几何”的课程，虽然不知讲得是啥，但好在有韩雪也选这门课。
“小雪！你怎么选这门课了？”
韩雪说：“我想跨专业考研，考数学！心血来潮就选了，嘻嘻。”
“什么？数学，小雪你是认真的？”
韩雪说：“其实我是想学一些和科技有关的实用的东西，这样在将来可以帮你打理一方世界的科技嘛！”
程小棋笑道：“有爱因斯坦他们就够了，不用你帮忙。”
韩雪：“可爱因斯坦寿命有限，我还是想成为修仙和科技双修的综合性人才，嘻嘻。”
“其实我们能活很久，将来我们也可以在一方世界开办大学。”小雪继续说。
程小棋无语了，那开办野鸡大学的场面自己想象都抓狂。
放学后，程小棋如约带着韩雪去了小宾馆。
韩雪娇羞道：“你好坏！去一方世界不就行了？”
程小棋笑道：“小宾馆更有氛围嘛！”
开好房间后，小棋刚要有所动作，突然一股诡异的感觉袭来。程小棋定睛一看，梅菲斯特倒贴在天花板上，笑容诡异。
程小棋泄气了：“来得真不是时候。”
程小棋点了根烟，说：“说吧！这次试炼是什么？”
梅菲斯特嘻嘻笑道：“这次试炼非常之难，是考验你学业的时候，嘻嘻？”
程小棋问：“啥？你不会是要给我张试卷吧！”
梅菲斯特说：“这次试炼非常难，你要做好准备，最好找一些脑子灵光的来，限你半小时内，找齐六个人，包括你，计时开始。”
韩雪站出来说：“算我一个，小棋去哪里，我就去哪里，我和他有难同当。”
程小棋心想：“要找脑子灵光的？”这个提示很关键。他思来想去，把爱因斯坦也算上了。
程小棋打了一个电话给赵凤翔：“能不能帮我完成一个系统试炼？”
赵凤翔在电话里说：“好呀！你上次帮我，我这次也帮你。”
于是程小棋隔着电话便把赵凤翔收为卡牌，将其召唤过来。赵凤翔望着容貌诡异的梅菲斯特，吓了一跳。
程小棋心想：“这几个都是学霸，还有两个人选。”
于是程小棋将剩下两人选了悟性逆天的独孤求败和白秋然，便说：“我准备好了。”
梅菲斯特笑容更加诡异，他说：“我会让你当初没有选智慧果而后悔。”下一秒，程小棋、韩雪、赵凤翔、爱因斯坦、独孤求败、白秋然出现在一个白色房间内。
程小棋环顾四周感觉有些熟悉，但想不起来在哪里见过这个场面。整个房间都是四方的，六个面墙正中间各有一个感应自动门。
程小棋一感应，自动门开了，望过去居然是同样一个一模一样的正方形房间。
赵凤翔说：“我想起来了——异次元杀阵。”
此话一出，程小棋和韩雪都是一惊。
而独孤求败、白秋然、爱因斯坦都是不知所以。
白秋然喊道：“好烦呀！我想出去。”于是几道剑气劈向四周墙壁，但四周墙壁浮现出六芒星的法阵，剑气被吸收了。
程小棋说：“别费力气了，我们只能一个房间一个房间地走。”
于是六人开始了窜房间，他们朝着一个方向走，可房间无穷无尽，似乎走不到头。
房间不时传来一阵惨叫，听得程小棋不寒而栗，程小棋隐隐约约有种不好的预感。
终于，程小棋等人在房间内寻到一尸体，那尸体穿着和白秋然一样的衣服，看样子死去多时，白秋然看到后，立刻抓狂了，那尸体居然和白秋然长得一模一样……
独孤求败也是一惊，爱因斯坦则陷入了沉思……
程小棋说：“是了，我们穿越到了和异次元杀阵第二部一模一样的空间——超级立方体。”