满族的先世女真人以射猎为业，每年到采捕季节，以氏族或村寨为单位，由有名望的人当首领，这种以血缘和地缘为单位进行集体狩猎的组织形式，称为牛录制。
八旗的最小单位是牛录(牛录意为大箭;额真，又称厄真，意为主。满语:niruiejen)，每300人为一牛录，设牛录额真1人;牛录既是一种社会组织，也是作战时的一个单位编成，每牛录300户，每户出一个壮丁，父死子继，兄亡弟代，在全军出动时才有每牛录300人。一般作战，每牛录只有几十人。
5牛录为1甲喇(队)，设甲喇额真(参领)1人;
5甲喇为1固山，设固山额真(都统、旗主)1人，副职一人，称为左右梅勒额真(副都统)。
八旗的组成是满洲八旗300牛录，其中包括约100个已经满族化的蒙古牛录，纯粹满洲牛录仅210个。蒙古八旗129牛录和汉军八旗167牛录。终清一代牛录的数字增加不多。
据史籍记载，当时编有满洲牛录308个，蒙古牛录76个，汉军牛录16个，共400个。此时所编设的八旗，即后来的八旗满洲。清太宗时，又建立八旗蒙古和八旗汉军，旗制与八旗满洲同。八旗由皇帝、诸王、贝勒控制，旗制终清未改。
八旗初建时兵民合一，全民皆兵，凡满洲成员皆隶于满洲八旗之下。
旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。入关前，八旗兵丁平时从事生产劳动，战时荷戈从征，军械粮草自备。入关以后，建立了八旗常备兵制和兵饷制度，八旗兵从而成了职业兵。清定都北京以后，绝大部分八旗兵丁屯驻在北京附近，戍卫京师的八旗则按其方位驻守，称驻京八旗，俗称京旗，实即禁军。另抽出一部分旗兵派驻全国各重要城市和军事要地，称驻防八旗。八旗有一套完整的制度。如封爵，崇德元年(1636)始定亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、镇国将军、辅国将军、奉国将军9等。八旗按引军旗色定户籍。八旗兴办宗室觉罗学、官学等，课其子弟。
清代的八旗军，包括八旗满洲、蒙古、汉军，在行军、驻营时所居的位置是固定的。据说是依“五行相克”说制订的。在《八旗通志》中有如下的记载:“两黄旗位正北，取土胜水。两白旗位正东，取金胜木。两红旗位正西，取火胜金。两蓝旗位正南，取水胜火，水色本黑，而旗以指麾六师，或夜行黑色难辩，故以蓝代之。”
京旗各佐领在行政上归本旗都统管辖，但在军事系统上，又按照兵种，将前锋、护军、马甲、步甲独立编营。其中，骁骑营(马甲)、护军营、步军营(步甲)均按旗分设，前锋营按左右翼分设。护军营与前锋营平时警卫宫禁，皇帝外出时扈从行营，是八旗兵的精锐。以后陆续增设虎枪营、火器营、健锐营、善扑营、神机营(火枪)为特殊兵种。
康熙年间开始，八旗逐渐移居城外，因为当时在西郊营造圆明园，便从北京城内抽调八旗官兵前往保护安全。圆明园落成后，几朝皇帝每年都要在圆明园住上几个月，并设朝理政，圆明园事实上已成紫禁城之外的另一座皇宫。为了护卫圆明园的安全，于雍正二年(1724年)设立八旗护军营规划为:镶黄旗驻圆明园后树村西，正白旗驻树村东，镶白旗驻长春园东北，正黄旗驻萧家河村北，正红旗驻北安河桥西北，镶红旗驻玉泉山东北，正蓝旗驻海淀东，镶蓝旗驻颐和园南蓝靛厂。八旗兵驻扎城外，在地名中可以反映出来，比如“厢红旗”、“蓝旗营”等。
清代禁旅八旗顺治年间约有兵丁8万，乾隆年间为10万余人，清末增至12万余人。禁旅八旗以满洲八旗为主，遇有战事，派出作战，战毕撤归京师，为清朝基本的军事力量。
京畿驻防的驻防地，分为几大类。如顺义、昌平、三河、良乡等地，均是最靠近北京城区的地方，他们实际上是作为京城护卫的外围。更远的驻防地，如保定、太原、沧州、德州，均是从北京向各个方向的交通要道。起初清廷重点布防于南方，特别是东南。后来到了康熙中期之后，准噶尔等势力崛起，故而康熙帝开始将京畿驻防中薄弱的北方地区进行加强。
直省驻防，指的是清代在各行省设立的驻防地点。最初多是临时性的驻扎。后来，其中的某些重要地区的驻防陆续成为定例，就形成了清朝直省驻防的结构。
顺治十七年(1660年)，谕令固山额真清文仍称固山额真，汉文称为都统;梅勒章京汉文称为副都统;甲喇章京称为参领;牛录章京称为佐领。这样，牛录(佐领)-甲喇(参领)-固山(都统)逐渐成为八旗都统的分层管理机构。
京师八旗中，八旗都统每旗一人，从一品;副都统每旗二人，正二品，下设参领、副参领、佐领，晓骑校及印务参领、印务章京、笔帖式等。参领各旗人数不一，正三品。其中满洲八旗每旗五人，共四十人;蒙古八旗每旗二人，共十六人;汉军八旗每旗五人，共四十人，合计为九十六人。副参领，正四品，与参领额同。
佐领，正四品，满洲八旗有六百八十一人，蒙古八旗有二百零四人，汉军八旗有二百六十六人，共计一千一百五十一人，由参领统领。晓骑校，正六品，与佐领额同，即每佐领下设一晓骑校。印务参领，满洲八旗十六人，蒙古八旗八人，汉军八旗十六人，共四十人。印务章京，满洲八旗共六十四人，蒙古八旗三十二人，汉军八旗四十八人，共一百四十四人。笔帖式与印务章京额同。另外，各旗还设随旗行走散秩官，无定员。
在八旗中，都统为一旗满洲、蒙古、汉军的最高长官，既负责军务，又负责一旗民政事务。清入关前，满语称固山额真，设1人;设左右梅勒额真(后改为梅勒章京)各1人。京师八旗满蒙汉各有都统1人，从一品，共设都统衙门24处。在各省置驻防八旗，辖兵2000名以上者，以将军领之。全国设将军衙门13处均从一品，以满洲王公或亲信大臣兼任。各防以将军或都统为长官。一般将军与都统不并设，凡设将军处，下置副都统。在某些地区，副都统即为一地驻防旗长官。
副都统协助都统工作，参领则是承上启下之官员，介于都统与佐领之间。佐领负责一牛录的事务。都统和副都统都不世袭，由皇帝临时任命。参领也不世袭，于本旗内补授。佐领多为世袭职，如勋旧佐领，世管佐领，也有非世袭的，如公中佐领。
骁骑营：清代禁卫军之一，起皇太极天聪年间所设的阿礼哈超哈营。顺治时详定制度，八旗均设骁骑营，为八旗都统的直属部队。满洲骁骑营所辖有马甲、领催、匠役，其人员从八旗满洲每佐领下抽调。
护军营：清代禁卫军之一。始建于皇太极天聪年间的巴牙喇营，上三旗守皇宫禁门，即午门，东西华门和神武门等，下五旗守王公府门。雍正时，改为均司禁卫。从满蒙八旗中抽调，每旗设护军统领(tuijanggin)一人;雍正三年，增设了圆明园八旗护军营，驻於该园周围，以司禁卫。
前锋营：清代禁卫军之一。始建于皇太极天聪年间葛布什贤超哈营。挑选八旗满蒙各佐领下的扩军马甲，养育兵等技艺优秀和身强力壮者锐部队，独立为营。清代大规模的巡活动很多，前锋营负责皇帝巡幸时的前哨警卫。
健锐营：清代禁卫军之一。也称云梯兵。乾隆十四年(1749年)设立。健锐营驻扎在北京香山实胜寺旁，习攻坚之战。营兵从八锋中壮健者挑选，兵额2000，满人居多。设总统大臣管理，下有翼长(gida)，参领等官。
火器营：清代京军之一。康熙帝因平定三藩之乱之需，非常重视火炮技术，於1691年定全营均练习火炮，并掌皇帝的守卫扩从。营兵从八旗满蒙汉各佐领中抽调，共辖官兵近八千人。火器营在平定三蕃，收复台湾和抵御沙俄侵略等战役中，发挥了重要作用。
步军营：清代禁卫军之一。步军营守卫京师，八旗满蒙汉各佐领分驻京城，人数较多，康熙十三年，定制兵额人。
神机营：清代禁卫军之一，始建于咸丰十一年(1861年)，主要职责是守卫紫禁城三海(中南海、北海、什刹海)并从皇帝巡行，神机营由八旗满蒙汉各佐领及八旗前锋、护军、步军器、健锐等营伍中挑选的武艺高强和善骑射的营余构成。
虎枪营：清代禁卫军之一。虎枪营于康熙二十三年设立，负责沪从围猎，如在塞外皇家围场的守猎，称木兰围场(木兰满语。原为哨鹿，后为地名)各个善骑射，都是从八旗、前锋、扩军和火器等营伍挑选的，兵额约六百。
善扑营：清代禁卫军之一。康熙年间设立，善扑营兵被称为“少年大力士“，他们协助康熙帝铲除了叛臣鳌拜，立下了汗马功劳。